BioHackersNetGenMapp package에 있는 GeneOntology integrated microarray analysis software.
Method - MAPPFinder에 관한 저널
Abstract
MAPPFinder is a tool that creates a global gene-expression profile across all areas of biology by integrating the annotations of the Gene Ontology (GO) Project with the free software package GenMAPP. The results are displayed in a searchable browser, allowing the user to repidly identify GO terms with over-represented numbers of gene-expression changes. Clicking on GO terms generates GenMAPP graphical files where gene relationships can be explored, annotated, and files can be freely exchanged. |
How MAPPFinder works
부가설명
보통의 microarray분석은 p value, fold chage의 수치 데이터를 보고 변화가 있는 gene을 보기 위해 여러 통계적인 방법을 이용하여 여러 오류들을 줄이는 데 그 촛점이 맞추어져 있고, 그런 부분들이 많이 발전되어 왔다. 조금 더 통계적인 방법을 동원해서 어떤 조건이나 time point에서 공통적인 변화를 보이는 그룹을 찾기위해 ClusteringMethod를 이용하기도 한다. 최종적으로 실험적인 연구자들에게 주어지는 결과는 "몇천개 내지는 몇십개의 gene들이 이 실험에서 변화되었다."로 이야기 할 수 있는데, microarray의 결과를 증명하기 위해서는 실질적인 실험이 이루어져야 하고, high-through put technology를 사용하지 않는 한 일반적으로 10개이상의 molecule을 한번에 실험해 보기가 쉽지 않다. 결론은 최소 몇십개 많게는 몇천개의 gene 중에 "어떤 것을 실험적으로 증명할 것인가?" 즉, 어떤 방법으로 그 수를 줄이는 가가 실험자에게 주어진 고민이다. 그런 의미에서 MAPPFinder는 개인의 관점이 아닌 통계적인 방법으로, 또 생물학자들이 관심있어하는 pathway나 GeneOntology을 이용하여 이런 측면에서 어떤 것들이 변화가 있고 의미가 있는 것인지를 알 수 있게 해준다는 장점을 갖고있다. 쉽게 말해서, 여러 gene들의 변화를 전체적인 그림으로 보여 주는 것이라 하겠다. 그 그림을 보고 의미있는 부분들에 관해 연구한다면 증명에 관한 의미가 강화된다고 볼 수 있다.