Maximal Unique Match (er). Large Sequence간의 효율적인 SequenceAlignment를 위해 TIGR에서 개발한 프로그램.

http://www.tigr.org/software/mummer/

두 유전자 배열안에는 반드시 반복되는 공통된 부분을 갖고 있다는 전제를 하고, 이 부분을 MUM이라 한다.

Approach.

1. Find MUMs (suffix tree for two genome sequences).
2. find a logest set of MUMs in the increasing order.
3. Close the gaps.
4. Output entire alignmnet.

Once we got unique matches, we still need to find a set of a longest MUMs typically using LIS method

SuffixTree를 이용하여 빠른 속도로 긴 서열을 매칭시키는 것이 특징이다. 5Mbps 정도의 두 서열을 매치시키는데 13초 정도 걸린다고.

관련 paper

• http://biohackers.net/moin/wiki/upload/MUMmer.pdf

CategoryProgramBio