[PMF] Simulation - Peptide length distribution using GnuPlotPy

소스코드 (몇가지 부가모듈 필요) : [PmfSimulation.py] --> BioSeqStat으로 통합됨.


점심시간 틈을내서 PmfSimulation을 GnuPlotPy로 하는 페이지를 만들었다. [PmfSimulation.py]코드가 수입하는 외부모듈들이 꽤 많은데, 그것들 다 올리자니... 어캐 방법이 안떠오른다. 회사일로 만든 코드들을 여따가 다 걍 올릴 순 없기에, 일단 GnuPlotPy를 쓰는 부분과 대략적인 코드만을 올렸다.

이런 고민에서 벗어나고싶다는 생각이든다. [GNU]세상의 사람들처럼 바로바로 공개하고 다른사람들의 피드백을 받는... --[yong27], 2003-05-13

PmfSimulation을 랜덤서열에 대해 해봐야겠다. 오늘 얘기들을 통해서, 왠지 잘못계산된게 아닌가 하는 의구심이 들었다. KKKK, KKRKRK 같은 서열이 많단 얘기인데, 정말 그래서인가... 함 검증작업을 해야겠다. 만일 그래도 저렇다면, 생물학적 의미가 있는것이리라. --[yong27], 2003-05-15


펩타이드들의 AminoAcid 길이분포 (트립신처리, SwissProt의 E.coli모든 단백질들)

seqlendist_ecoli.png

펩타이드들의 mass 분포 (트립신처리, SwissProt의 E.coli모든 단백질들)

massdist_ecoli.png

랜덤서열의 펩타이드 길이분포 (랜덤서열길이 100, 갯수 1000)

random_pmf_dist.png

PmfSimulation (last edited 2011-08-03 11:01:11 by localhost)

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