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pickle을 이용해서 객체 저장하기

Toggle line numbers 
   1 import cPickle
   2 
   3 # dump
   4 pickle.dump(obj,open("obj.p","w"))
   5 
   6 # load
   7 obj = pickle.load(open("obj.p"))

List 정렬하기

  • 오름 차순으로 정렬할 때 : 1->2->3->...

Toggle line numbers 
   1 a = [['a',4],['b',1],['c',3],['d',2]]
   2 a.sort(lambda x, y:cmp(x[1],y[1]))

  • 내림 차순으로 정렬할 때 : 3->2->1->...

Toggle line numbers 
   1 a = [['a',4],['b',1],['c',3],['d',2]]
   2 a.sort(lambda x, y:cmp(x[1],y[1]),reverse=True)

List

  • Filtering 하기

[2, 18, 9, 22, 17, 24, 8, 12, 27] 에서 3으로 나눠서 0이 되는 것만 list로 만들기

Toggle line numbers 
   1 foo = [2, 18, 9, 22, 17, 24, 8, 12, 27]
   2 print filter(lambda x: x % 3 == 0, foo)

[18, 9, 24, 12, 27]

  • 새 rule을 list에 적용해서 새로운 list 만들기

[2, 18, 9, 22, 17, 24, 8, 12, 27] 에서 각 member * 2 + 10의 값으로 list를 새로 만들기

Toggle line numbers 
   1 foo = [2, 18, 9, 22, 17, 24, 8, 12, 27]
   2 print map(lambda x: x * 2 + 10, foo)
  • 모두 더한 값 출력

[2, 18, 9, 22, 17, 24, 8, 12, 27] 를 모두 더한 결과를 출력한다.

Toggle line numbers 
   1 foo = [2, 18, 9, 22, 17, 24, 8, 12, 27]
   2 print reduce(lambda x, y: x + y, foo)
  • 각 member를 tab으로 붙인 값 출력

Toggle line numbers 
   1 print "\t".join(map(str,["hi","jae-seong"]))
  • y라는 list에서 x에 해당하는 index를 갖는 값을 한꺼번에 갖고오기.

Toggle line numbers 
   1 x = [1,2]
   2 y = [1,2,3,4,5,6]
   3 
   4 [y[z] for z in x]
  • list의 member들 끼리 그룹으로 묶기

Toggle line numbers 
   1 L1 = [1,2,3,4] 
   2 L2 = [0,2,12,20] 
   3 zip(L1, L2)

결과 : [(1, 0), (2, 2), (3, 12), (4, 20)]

  • list의 member들 끼리 그룹으로 묶은 뒤, b에 해당하는 값이 10 이상인 녀석들만 뽑기

Toggle line numbers 
   1 L1 = [1,2,3,4] 
   2 L2 = [0,2,12,20] 
   3 [(a, b) for a, b in zip(L1, L2) if b > 10]

결과 : [(3, 12), (4, 20)]

Pipe

  • python pipe read 

sys.stdin.read()
sys.stdin.readline()
sys.stdin.readlines()

filter와 lambda 예제

  • 디렉토리의 aln 확장자를 갖는 파일들을 읽어서 '_' 앞의 숫자를 1씩 줄여서 이름을 다시 붙임.

Toggle line numbers 
   1 for name in filter(lambda x: "aln" in x, os.listdir(".")):
   2      pre = name[:name.find('_')]
   3      post = name[name.find('_'):]
   4      os.rename( name, "%d%s"%(int(pre)-1,post))
  • 화일 이름 바꾸기 Script

Toggle line numbers 
   1 import os
   2 
   3 for file in os.listdir("."):
   4     if file[-3:] == "gif":
   5         newfile = file.replace("[1]","")
   6         os.rename(file, newfile)

Swissprot sequence 파일 읽기

  • Swissprot sequence 파일을 읽어서 entry를 각각 파일로 저장

Toggle line numbers 
   1 import os
   2 from Bio.SwissProt import SProt
   3 from sys import *
   4 
   5 fh = open(argv[1])                       
   6 sp = SProt.Iterator(fh, SProt.RecordParser())
   7 
   8 
   9 while 1:
  10     record = sp.next()
  11     if record is None:
  12         break
  13     file = open("swissprot//"+record.entry_name,"w")
  14     file.write( ">" + record.entry_name + "\n")
  15     file.write( record.sequence )
  16     file.close()
  17 fh.close()

파일 읽기

파일 쓸 때

Toggle line numbers 
   1 import codecs
   2 f = codecs.open('test', encoding='utf-8', mode='w+')
   3 f.write(u'\u4500 blah blah blah\n')
   4 f.close()

파일 읽을 때

Toggle line numbers 
   1 import codecs
   2 f = codecs.open('unicode.rst', encoding='utf-8')
   3 for line in f:
   4     print repr(line)
  • 한줄로 readme.txt를 빼고 나머지 txt확장자를 갖는 파일 리스트 갖고 오기

Toggle line numbers 
   1 [ x for x in glob.glob("*.txt") if x != "readme.txt" ]
  • 디렉토리에서 *.fasta 파일을 갖고 오기

Toggle line numbers 
   1 import glob
   2 
   3 glob.glob( "*.fasta" )

Python 프로그램 default format

  • python 프로그램 default format

Toggle line numbers 
   1 #!/usr/local/bin/python2.4
   2 
   3 import sys
   4 from optparse import OptionParser
   5 
   6 if __name__ == "__main__":
   7     parser = OptionParser()
   8     parser.add_option( "-i", dest="input" )
   9     ( options, args ) = parser.parse_args()
  10 
  11     if options.input == None:
  12         parser.print_help()
  13         sys.exit(-1)

python command output 받기

Toggle line numbers 
   1 def getCommandOutput(command):
   2     child = os.popen(command)
   3     data = child.read()
   4     err = child.close()
   5     if err:
   6         raise RuntimeError, '%s failed w/ exit code %d' % (command, err)
   7     return data

python generator example

Toggle line numbers 
   1 hprd_entries = list(x[:x.find("|")] for x in fasta.keys())

python string 출력 formatting

  • 자신도 포함해서 5번째 칸 까지 출력하고 싶다면

Toggle line numbers 
   1 print "|%5s|" % "hi"
  • 자신 부터 5번째 칸까지 출력하고 싶다면

Toggle line numbers 
   1 print "|%-5s|" % "hi"

Automation

Toggle line numbers 
   1 import win32com.client
   2 o = win32com.client.Dispatch("Excel.Application")
   3 o.Workbooks.Open(filepath)
   4 o.visible = 1

Win32Com

  • 현재 activation된 window에 text 써 넣기

Toggle line numbers 
   1 import win32com.client,win32gui 
   2 s=win32com.client.Dispatch("WScript.Shell") 
   3 thisApp=win32gui.GetForegroundWindow() 
   4 s.AppActivate(thisApp) 
   5 s.SendKeys("abracadabra")

Win32Clipboard

  • 클립보드에서 text 갖고 오기

Toggle line numbers 
   1 from win32clipboard import *
   2 OpenClipboard()
   3 text = GetClipboardData(CF_TEXT)
   4 CloseClipboard()
  • 클립보드에 있는 내용에서 중복 없애기 (line 별로)

Toggle line numbers 
   1 from win32clipboard import *
   2 OpenClipboard()
   3 text = GetClipboardData(CF_TEXT)
   4 
   5 aSet = set()
   6 for line in text.split("\n"):
   7     aSet.add( line.strip() )
   8 
   9 output = ""
  10 for line in aSet:
  11     output += line
  12     output += "\n"
  13 
  14 SetClipboardText( output )
  15 CloseClipboard()

PythonExamples (last edited 2011-08-03 11:01:16 by localhost)

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