유전자발현시 생성된 RNA는 정방향의 염기서열로 이루어지므로 상보적인 서열을 갖는 역방향 RNA와 결합하여 RNA/RNA DoubleHelix를 형성할 수 있다. RNA/RNA DoubleHelix는 RNase에 의해서 절단되지 않는다는 특성을 이용하여 mRNA를 정량적으로 측정하는 MolecularBiology실험방법.

genomic DNA혹은 cDNA sequence를 파지 RNA polymerase의 promoter서열과 결합시킨다. 파지 RNA polymerase는 특이적인 promoter인식서열에서 시작하여 mRNA target에 상보적인 cRNA를 합성하는데, 이때 [32P] rNTP를 첨가해주면 방사성 동위원소로 표지된 cRNA가 생성된다. DNase I를 이용하여 DNA주형을 제거한다음 cRNA probe를 측정하고자 하는 RNA시료와 hybridization시킨다. RNse A를 처리하여 단일가닥 RNA를 분해시키고 남아있는 RNA/RNA DoubleHelix를 polyacrylamide gel electrophoresis에 의해 정량적으로 검출한다.

RnaseProtectionAssay는 민감도가 매우 높고 background가 낮기 때문에 개별유전자의 정량적 측정법으로 널리 쓰이고 있으나, 시료처리능력은 작아서 HighThroughPut목적에는 적합하지 않다.