StandAloneBlast - BioHackersNet

로컬로 컴퓨터에 설치되어서 돌아가는 BLAST. WwwBlast와 다른 점이라면, 모든 명령을 쉘에서 실행한다는 것과, 결과물이 HTML이 아닌 FlatFile로 출력된다는 것.

NCBI에서는 Public FTP를 통하여, 거의 모든 OperatingSystem의 바이너리 실행화일 및 소스를 제공한다.

설치방법

Linux용으로 다운받았을 경우 다음과 같이 설치한다.

blast 디렉토리를 만들고, 그 안으로 복사한후, 다운받은 화일의 압축을 푼다.

$ mkdir blast
$ cd blast
$ tar zxvf blast.linux.tar.Z

.ncbirc 화일을 만든다.

$ vi .ncbirc
[NCBI]
Data=/path/blast/data

blastdb를 취한다. ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db 에서 예제로 ecoli.nt.Z 를 받는다. 동일 디렉토리, 혹은 특정 디렉토리에 복사, 압축해제한 후 다음과 같이 formatdb명령을 수행한다.

$ ./formatdb -i ecoli.nt -p F -o T

여기서, -p옵션은 protein이냐를 묻는것이며, 위 DB는 nucleotide이므로 F (false)를 선택한다.

위 formatdb는 압축해제과정 없이 다음처럼 진행될 수 있다.

$ uncompress -c ecoli.nt.Z | ./formatdb -i stdin -p F -o T -n ecoli

기본적인 BLAST검색을 위해서는 다음의 명령을 수행한다.

$ ./blastall -p blastn -d ecoli.nt -i test.txt -o test.out

유용한 스크립트

standalone blast의 많은 결과 레코드를 보기 불편할때가 많다. 다중 쿼리의 결과를 1등 hit 만 뽑아서, 이를 Excel로 변환해주는 스크립트

   1 import sys, os
   2 from Bio.Blast import NCBIStandalone
   3 
   4 sys.stdout.write('\t'.join(map(str,[
   5     "Query", "DB", "ACC", "DESC", "Expect", "Identities", "Positives", "Gaps", "ORF"
   6     ]))+'\n')
   7 for b in NCBIStandalone.Iterator(sys.stdin, NCBIStandalone.BlastParser()):
   8     db = ""; acc = ""; desc = ""; expect = "" 
   9     identities = ""; positives = ""; gaps=""; orf=""
  10     if b.alignments:
  11         alignment = b.alignments[0]
  12         words = alignment.title.replace('\n','').split('|')
  13         db = words[0]
  14         acc = words[1]
  15         desc = words[2]
  16         hsp = alignment.hsps[0]
  17         expect = hsp.expect
  18         identities = '/'.join(map(str,hsp.identities))
  19         positives = '/'.join(map(str,hsp.positives))
  20         gaps = '/'.join(map(str,hsp.gaps))
  21         if hsp.sbjct_start == 1 and hsp.sbjct[0] == 'M':
  22             orf="orf"
  23     sys.stdout.write('\t'.join(map(str,[
  24         b.query, db, acc, desc, expect, identities, positives, gaps, orf
  25         ]))+'\n')

위 스크립트를 bl2xls.py로 저장한 후, 아래와 같이 실행한다.

$ python bl2xls.py < some.blast > some.xls

QnA

I just get only first element of blast result. I can't figure out what I have missed. Could anyone suggest to fix this? -- cyppi 2005-09-12 09:40:57

I did various experiments but it has no problem. pls let me know error message or your input blast result. -- yong27 2005-09-12 10:58:29

I use Input as like this and get result like this. And I use blast option like

$ blastall  -d ../blast/nt -p blastn -o result -i input

and I get result like

$ python bl2xls.py < result 
Query   DB      ACC     DESC    Expect  Identities      Positives       Gaps    ORF
for test        >ref    XM_466291.1      Oryza sativa (japonica cultivar-group),  mRNA  0.2423/24    None/None       None/None1

pls let me know what's wrong w/ these things.. -- cyppi 2005-09-12 11:46:07

This script is for multi-query blast output and first hit parsing, It has no problem --yong27
- Ah~~ now I can understand!! I misunderstood that all the alignments in the result should showed. Thanks for useful scripts -- cyppi 2005-09-12 12:55:07