Biomolecule에 대한 MolecularDynamics in explicit system 을 수행할 때 고려해야 할 사항.

TIP3P, TIP4P, TIP5P, SPC/E, SSD/E, and SSD/RF 의 6가지 모델이 있는데, 이 중에서 TIP3P 더 선호하여 이용한다고 함. H-O-H각도가 104도이며, structural and thermdynamic properties가 다른 것보다 우수. 특히 CHARMM에서 biomolecule 에 대한 parameter를 개발할 때 TIP3P를 이용했다고 함. TIP4P는 TIP3P와 거의 비슷하나 diffusion property가 더 개선된 model.

어렵다. TIP3P가 좋은 거라니 그걸로 쓰고 있긴 하지만.. -ghost

• 실제는 저 각도가 104.5도 아니였나? 왜 다른거지? -- yong27 2005-09-13 15:44:09

  • 글쎄요. 대략적으로 나타낸 값인지,우리가 교과서에서 배운 내용이 조금 왜곡된건지.. --ghost