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| === Ongoing works === 1. Structure-based virtual screening을 이용한 [PTP1B]-selective inhibitor 발굴. 현재는 inhibitory activity assay 실험 중. Kinetic study를 통해 IC50 및 competitive inhibitor를 확인한다. Unity,FlexS and FlexX/CScore (within Sybyl) 이용. 2. Structure-based viral Screening을 이용한 c-[MYC] promoter G-[Quadruplex] stabilizing ligand 발굴. Unity,(AMBER),DOCK5.2/GBSA Score 이용. PCR stop assay를 이용한 ligands screening. 3. Antechamber로 generation안되는 ligand의 atom type and bond type parameter들을 MOLOC으로 시도하려함. |
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=== My interests === 1. Hit-rate를 향상 시킬 수 있는 방법: score algorithm을 개발할 능력은 없으니 기존의 scoring function을 조합하여 optimization 시킬 수 있는 방법. DNA를 receptor로 larget database docking시킬 수 있는 프로그램은 DOCK밖엔 없는가.. 2. Binding energy calculation을 위한 MM-PBSA 등등. 이것도 어렵다. 3. 'WaterModel'에 대해 공부하는 중. 어렵다. 개념만 대충 알아도 여한이 없겠네.. 동영이한테 알려주기로 했는데.. 이 녀석은 제대로 하고 있나 모르겠다. 2002.09.13 4. '[MM-PBSA]' using AMBER8 and GBSA scoring within DOCK5.2 to improve the result of Virtual screening. |
Call me 'Edamam'..
두드려라, 열릴 것이다.. 단, 두드려서 열릴 만한 곳을 잘 찾아서..
About my works
- I'm interested in computer-aided drug design, especcially, searching the leads in the large chemical database to treat disease such as cancer, diabetes and so on.
It is called 'Virtual screening'. There are two methods 'LigandBasedVirtualScreening' and 'StrcutureBasedVirtualScreening'.