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이달의 관련 용어

• Vector의 종류에는 plasmid, bacteriophage, cosmid, phagemid 등이 있는데 그중 가장 널리 쓰이는 것이 plasmid이다.
• replicon : DNA나 RNA의 복제 단위
• cosmid : 바이러스를 이용한 플라스미드의 일종
• oligomer : 소중합체라고도 한다. 분자량이 대략 1,000 이하의 것을 말함

2006-05-18

VectorNTI 실습

VectorNTI의 강점

• 다양한 생물학 관련 분석 툴을 제공한다... -> ContigExpress, PrimerDigine,

• 모든 데이타를 데이타베이스화 하여 관리한다... -> 검색, 백업, 리스트화 할 수 있다...

• 복잡한 생물학 데이타를 보기 편하게 GUI를 제공한다... ->

install

• 프로그램을 인스톨한다...인스톨이 끝나면 프로그램을 열고 help -> license -> applications 가서 사용자 정보를 입력한다...

• phone은 국제번호를 적는다...예)08-2-2149-0041

• 사용자 정보를 그대로 옮겨서 회사 위키에 적는다... -> VectorNTI/UserList

실행 및 데이타베이스 관련

• 처음 실행하게 되면 데이타베이스를 만들건지 묻는다 -> 만들어도 되고 안만들어도 되는데 만들면 웹으로부터 모든 정보를 받는다...

• subset(subbase)에서 오른쪽 마우스 클릭

  • Dismiss : subset을 지운다... -> main에 데이타는 그대로 있다...

  • Clear : subset은 그대로 있고, 안에 데이타만 지운다... -> 다른 DB와 별개

  • Delete content : clear와 동일한 기능을 갖는다... -> 단, 다른 DB의 같은 데이타는 삭제된다...

• Database
  • Search
    • Attribute filter : Storage type, Nucleic acid, replicon type, Form, Extra-chromosome replication, size에 따라 검색
    • Text filter : 데이타베이스 필드를 고를수 있고, 찾고 싶은 텍스트를 입력해서 검색
    • Keyword filter : 내장된 키워드를 골라서 검색
    • Ancestor filter : 기존에 가지고 있는 데이타를 키워드로 검색

    • Oligo&Peptide filter : 특정 oligo나 peptide를 가지고 검색

    • Feature filter : molecule들이 갖는 특징을 가지고 검색
  • Database backup : 말 그대로 데이타베이스를 백업한다...
  • Database restore : 프로그램을 다른 컴퓨터에 옮겨 설치할 경우, 데이타를 새 프로그램으로 넣어준다...
  • Database cleanup :

• ContigExpress : Assemble -> ContigExpress - Open New Assembly Project

2006-05-12

Visually inspect the data : The simplest way to evaluate data is by visual inspection.

GenMAPP : GeneSpring GX에서 GenMAPP pathway를 다운로드 하기 위해서 GenMAPP 싸이트 가서 회원가입까지 했는데 installer가 다운로드 안되네...

2006-05-10

GeneSpring_GX 입문...

• genome 서열 만들기

  • 우선 .gpr파일을 준비한다. -> chip 데이타가 저장된 파일

  • .gpr파일 안에 ID(RefSeq, GA etc.)를 복사해서 엑셀의 A열과 J열에 복사한 다음, 탭으로 분리로 저장한다.

• 프로그램에 깔기

  • import genome -> create a custom genome (tab-delimited file) -> next -> 아까 만든 파일을 넣어준다.

  • annotation type -> systemetic name -> next -> yes

  • duplicate identifiers : ignore duplicates, use first entry -> ok

  • import genome sequence (나중에 설정) -> next

  • web links : add standard link -> click (데이타베이스 선택) -> next

  • save new genome : 이름 및 기타 설정 -> save

  • new genome checklist : 데이타베이스에서 데이타를 가져온다

    • gene spider : 체크된 데이타베이스에서 데이타를 업데이트한다. (시간이 좀 걸림) -> accept changes -> save and close

    • make gene lists : 말 그대로 gene list를 만든다. -> ok

    • build ontology : 말 그대로 ontology를 만든다. (시간이 상당히 걸림) -> ok

    • genmapp pathways : 아마도 다운받아야 할 듯...
    • kegg pathways : 이것 역시 다운...
    • homology tables :

    • resources : 누르면 GeneSpring GX Extras가 나옴... 아마도 다운 받으라는 소린거 같음...

    • import data : .gpr 데이타를 넣어준다... 여기서 넣지 않고 파일을 드래그해서 넣을 수도 있음... plate에 .gpr파일을 드래그해서 넣는다... -> next

      • -> next -> ok -> yes -> sample attributes (각 데이타에 대한 내용을 자세히 적는다.) -> yes -> save new experiment : 이름을 정하고 save

    • new experiment checklist

      • normalization : 왼쪽에는 list -> 그냥 ok

      • parameters : new parameter (변수에 해당하는 내용도 적어준다.)
      • experiment interpretation
      • error model
• filter on expression level : 흥미로운 유전자를 발견하는 과정

2006-05-09

오늘 드디어 펀드에 가입했다... 우리은행에 브릭스 (펀드)라는 상품하고 미래에셋 (보험)에 친디아라는 상품... 브릭스는 매달 10만원씩이고, 친디아는 매달 20만원씩... 브릭스는 주식비율이 60%이고, 친디아는 주식비율이 90%이다... 둘다 추가납입이 가능... 최대한 아껴서 생활하고 나머지는 추가납입해야지... 참...중요한 사항...매달 10일에 돈이 빠져나간다...또한 푸르덴셜 종신보험도 10일날 빠져나간다...

2006-05-08

2006-05-13 낙지 결혼식 전 모임

• 장소 : 사당역 7시

2006-05-01

마이크로어레이 자료 통계분석 특강

• 일시 : 2006/05/12 ~ 2006/05/12
• 장소 : 방송통신대학교 (4호선 혜화역) 별관 세미나실

• URL : http://bric.postech.ac.kr/uw2/dispatcher/demo/event/detail_new.html?id=3239

• attachment:방송통신대학_06-05-12.doc