BioHackersNetNCBI Reference Sequence
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/
Comprehensive, integrated, non-redundant set of sequences, including genomic DNA, transcript (RNA), and protein products, for major research organisms.
GenBank정보중. 종별 Gene의 기준이 되는 서열. Genome서열부터해서, 어떻게 Transcription되고, 어떻게 RnaSplicing되고, 어떤 Protein들이 발현되는지 정보를 포함한다.
Entrez를 통해 검색가능하다.
최근의 release 3은 2218종, 844,000개의 Protein이 수록되어있다. LocusLink와 함께 non-redundant 하게 Gene정보를 획득하는 방법이다. See RefSeqAndLocusLink
참고문헌 : http://bric.postech.ac.kr/info/review/82.htm
RefSeq accession
RefSeq 아이디는 이런뜻입니다. Accessions 타입분류 (예RefSeq:NC_000001 )
Accession prefix |
Molecule type |
Comment |
AC_ |
Genomic |
Complete genomic molecule, usually alternate assembly |
NC_ |
Genomic |
Complete genomic molecule, usually reference assembly |
NG_ |
Genomic |
Incomplete genomic region |
NT_ |
Genomic |
Contig or scaffold, clone-based or WGSa |
NW_ |
Genomic |
Contig or scaffold, primarily WGSa |
NS_ |
Genomic |
Environmental sequence |
NZ_ |
Genomic |
Unfinished WGS |
NM_ |
mRNA |
. |
NR_ |
RNA |
. |
XM_ |
mRNA |
Predicted model |
XR_ |
RNA |
Predicted model |
AP_ |
Protein |
Annotated on AC_ alternate assembly |
NP_ |
Protein |
Associated with an NM_ or NC_ accession |
YP_ |
Protein |
. |
XP_ |
Protein |
Predicted model, associated with an XM_ accession |
ZP_ |
Protein |
Predicted model, annotated on NZ_ genomic records |
Status key
comment block에 보면 status key가 있습니다. 각 status별 설명
status |
definition |
genome annotation |
NcbiGenome annotation 되어진 서열. NM,NR,NP들의 종합판 |
inferred |
genome 서열 분석으로 추론된 서열. 전체 서열에 대한 실험적지지가 없슴 |
model |
genome 서열 분석으로 예측된 서열. AbInitio 예측에 의함 |
predicted |
예측된 서열. RNA and Protein is AbInitio predicted. transcript에 대한 지지는 cDNA clone, EST, homology의 존재를 포함한다. |
provisional |
. |
reviewed |
. |
validated |
. |
. |
InterWikiForBioinfo 사용가능