BioHackersNetMolecularBiology실험기법중 하나. full genome sequencing과 함께 LargeScaleSequencing의 한가지이기도 하다.
세포 또는 유기체의 Gene ExpressionProfile는 생물학적 특성을 규정하는 기본적이고 중요한 요소이므로, 발현되는 유전자에 관한 정보는 일차적인 관심사이다. Prokaryotic Cell의 경우 Genome의 대부분이 Protein이나 기능성 RNA를 암호화하는 기능적 염기서열들로 구성되어 있으므로 게놈의 염기서열만 있으면 유전자 암호화 부위를 유추할 수 있다.
반면, Eukaryotic Cell의 경우, RnaSplicing에 의해 exon사이에 intron이 삽입되어 있으므로 게놈 염기서열로 부터 유전자의 기능적 부위를 확인하기 위해서는 다른 접근법이 요구되며, 그 대안들 중 하나가 EST이다.
EST는 특정 조직으로부터 유래한 전체 cDNA로 부터 sequencing을 통해 mRNA coding sequence를 규명하고 이를 Database화 한 것이다. 조만간 HumanGenomeProject가 완결되면, EST정보가 expressed Genome region과 non-expressed region을 구분하는데 이용될 수 있을 것이다.
EST는 exon부분을 대변하는 것이므로 ExonTrapping 처럼 유전자 기능분석에 필요한 핵심적 DNA 염기서열을 제공하는 과정에 해당된다. EST는 대개 cDNA library를 무작위적으로 screening하거나 또는 cDNA library를 기능적으로 분류하여 추출한 clone들을 선별적으로 확인하여 얻어지는데, 후자의 경우 특정한 세포기능과 관련하여 발현변화가 일어나는 EST들을 염기서열 분석으로 확인하였을 때 그중에 포함된 이미 알려진 유전자들의 공통적인 기능적 특성을 바탕으로 하여 이들과 같은 부류로 분류된 신규 Gene들의 기능을 유추할 수 있다는 장점이 있다.
EST는 DnaMicroArray에 심을 유전자원으로써도 중요한 의미를 가지며, LargeScaleSequencing 기능분석에 필수적인 요소라 할 수 있다. 동일 cDNA에서 유래한 EST들을 하나로 묶는 과정을 EstClustering이라고 한다.
특징
- ESTs represent partial sequences of cDNA clones (~300bp)
- ESTs often associated with tissues.
ESTs are difficult to use effectively
- partial Gene sequences
- high error rate (~1/100) because of the sequence single-pass
- not a defined protein product
- high redundancy in the data
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