Human Genome의 약 2/3은 유전자와는 상관없는 extragenic DNA가 차지하고 있고, 나머지 1/3도 90%정도는 noncoding DNA로 이루어진다. 따라서 인체게놈의 3%정도만이 Protein coding에 쓰이는 exon에 해당되는 것으로 추정된다. HumanGenomeProject가 완성될 경우 FunctionalGenomics의 관점에서 일차적인 관심은 엑손부위를 찾는 일이라 할 것이다.

ExonTrapping은 MolecularBiology실험적으로 엑손부위를 찾는 기법이다. 전형적인 internal exon (IE)은 대개 20-200bp정도(평균 130bp)로로 비교적 작으며,

• 5'쪽으로는 3' splice부위 즉, splice acceptor에 접해있고
• 3'쪽으로는 5' splice부위 즉, splice donor에 접해있다.

ExonTrapping에서는 먼저 genomic DNA를 RestrictionEnzyme으로 절단한 절편을 trapping 벡터에 subcloning한 후 포유세포(예, Cos-7)에 형질도입(transfection)시킨다. 여기서의 Trapping vector는 잘 알려진 유전자의 두 엑손 사이에 multi-cloning site(MCS)를 갖고 있는 구조이다. 따라서, internal exon이 포함된 DNA단편이 MCS에 들어있을 경우 RnaSplicing이 일어나서 알려진 유전자의 두 엑손 사이에 새로이 클로닝된 엑손이 연결된 hybrid mRNA가 만들어진다.

알려진 두 엑손이 미지의 엑손과 접한 부위의 서열을 primer로 써서 RT-PCR을 수행하면 미지의 엑손만을 증폭할 수 있고 이를 다른 플라스미드에 클로닝하면 엑손클론만을 얻을 수가 있다.