Reverse - NorthernBlot. One of the MicroArray (GeneChip, DnaChip이란 용어로도 사용된다.)

Microscopic arrays of large sets of DNA sequences immobilized on solid substartes; cDNA or oligo chips containing all or a large fraction of genes in an organism.

DnaMicroArray의 종류

• cDNA를 심어놓고, ExpressionProfile연구

• oligonucleotide를 심어놓고, ExpressionProfile, hybridization, OligoNucleotideFingerprint, SNP연구

• SequencingByHybridization

Useful Links about DNA Microarray

• GeneChipResearchCenter

관련서적

• DnaMicroArraysaPracticalApproach

• BiologistsGuideToAnalysisOfDnaMicroarrayData

관련프로그램

• cDNA oligomer 선별 프로그램 : OligoPicker

• BrbArrayTools

• GeneSpring

• GenePix

• GenMapp

• BASE

상용프로그램

• ArraySuite (Affymetrix)

• ImaGene (Biodiscovery)

• GeneSite (Biodiscovery)

• Spotfire (Spotfire)
• Resolver (Rosetta)

• LifeArray (Incyte)

• Expressionist (GeneData)

• GeneExpress (Gene Logic)

• IplabMicroArraySuite (Scanalytics)

공개프로그램

• J-Express (U Bergen)
• UCI/NCGR (UCI/NCGR)

• TreeView (Standford)

• EPCLUST (EBI)

• SOM (Whitehead inst)

Reference RNA

단순한 한 쌍의 비교 실험이 아닌 서로 다른 여러개의 실험 data들간의 유전자 발현정도를 일관성 있게 비교하기 위해서는 일정한 기준이 되는 RNA (universal reference)가 필요함; 실험에 사용된 모든 RNA들의 동일한 mixture로 구성된 양질의 RNA --> 가장 이상적인 reference RNA는 실험에 사용된 chip상의 모든 유전자 probe를 cover하는 target RNA

RNA 선형증폭

소량시료의 DNA microarray 실험이 증가하다. 따라서 증폭기술이 필요.

1. signal 증폭 : Genisphere

2. 선형증폭 : IVT technology (General; Agilent, Affymetrix, CodeLink, etc1, High-heel (GenomicTree)

SubsetsOfBioinformatics