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매주 금요일 3시까지 주간업무현황 위키에 작성
2006-05-12
Visually inspect the data : The simplest way to evaluate data is by visual inspection.
GenMAPP : GeneSpring GX에서 GenMAPP pathway를 다운로드 하기 위해서 GenMAPP 싸이트 가서 회원가입까지 했는데 installer가 다운로드 안되네...
2006-05-10
GeneSpring_GX 입문...
- genome 서열 만들기
우선 .gpr파일을 준비한다. -> chip 데이타가 저장된 파일
.gpr파일 안에 ID(RefSeq, GA etc.)를 복사해서 엑셀의 A열과 J열에 복사한 다음, 탭으로 분리로 저장한다.
- 프로그램에 깔기
import genome -> create a custom genome (tab-delimited file) -> next -> 아까 만든 파일을 넣어준다.
annotation type -> systemetic name -> next -> yes
duplicate identifiers : ignore duplicates, use first entry -> ok
import genome sequence (나중에 설정) -> next
web links : add standard link -> click (데이타베이스 선택) -> next
save new genome : 이름 및 기타 설정 -> save
- new genome checklist : 데이타베이스에서 데이타를 가져온다
gene spider : 체크된 데이타베이스에서 데이타를 업데이트한다. (시간이 좀 걸림) -> accept changes -> save and close
make gene lists : 말 그대로 gene list를 만든다. -> ok
build ontology : 말 그대로 ontology를 만든다. (시간이 상당히 걸림) -> ok
- genmapp pathways : 아마도 다운받아야 할 듯...
- kegg pathways : 이것 역시 다운...
- homology tables :
resources : 누르면 GeneSpring GX Extras가 나옴... 아마도 다운 받으라는 소린거 같음...
import data : .gpr 데이타를 넣어준다... 여기서 넣지 않고 파일을 드래그해서 넣을 수도 있음... plate에 .gpr파일을 드래그해서 넣는다... -> next
-> next -> ok -> yes -> sample attributes (각 데이타에 대한 내용을 자세히 적는다.) -> yes -> save new experiment : 이름을 정하고 save
- new experiment checklist
normalization : 왼쪽에는 list -> 그냥 ok
- parameters : new parameter (변수에 해당하는 내용도 적어준다.)
- experiment interpretation
- error model
- filter on expression level : 흥미로운 유전자를 발견하는 과정
2006-05-09
오늘 드디어 펀드에 가입했다... 우리은행에 브릭스 (펀드)라는 상품하고 미래에셋 (보험)에 친디아라는 상품... 브릭스는 매달 10만원씩이고, 친디아는 매달 20만원씩... 브릭스는 주식비율이 60%이고, 친디아는 주식비율이 90%이다... 둘다 추가납입이 가능... 최대한 아껴서 생활하고 나머지는 추가납입해야지... 참...중요한 사항...매달 10일에 돈이 빠져나간다...또한 푸르덴셜 종신보험도 10일날 빠져나간다...
2006-05-08
2006-05-13 낙지 결혼식 전 모임
- 장소 : 사당역 7시
2006-05-01
마이크로어레이 자료 통계분석 특강
- 일시 : 2006/05/12 ~ 2006/05/12
- 장소 : 방송통신대학교 (4호선 혜화역) 별관 세미나실
URL : http://bric.postech.ac.kr/uw2/dispatcher/demo/event/detail_new.html?id=3239
- attachment:방송통신대학_06-05-12.doc
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