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2006 / May
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2006-05-10

GeneSpring_GX 입문...

genome 서열 만들기
- 우선 .gpr파일을 준비한다. -> chip 데이타가 저장된 파일
- .gpr파일 안에 ID(RefSeq, GA etc.)를 복사해서 엑셀의 A열과 J열에 복사한 다음, 탭으로 분리로 저장한다.
프로그램에 깔기
- import genome -> create a custom genome (tab-delimited file) -> next -> 아까 만든 파일을 넣어준다.
- annotation type -> systemetic name -> next -> yes
- duplicate identifiers : ignore duplicates, use first entry -> ok
- import genome sequence (나중에 설정) -> next
- web links : add standard link -> click (데이타베이스 선택) -> next
- save new genome : 이름 및 기타 설정 -> save
- new genome checklist : 데이타베이스에서 데이타를 가져온다
  - gene spider : 체크된 데이타베이스에서 데이타를 업데이트한다. (시간이 좀 걸림) -> accept changes -> save and close
  - make gene lists : 말 그대로 gene list를 만든다. -> ok
  - build ontology : 말 그대로 ontology를 만든다. (시간이 상당히 걸림) -> ok
  - genmapp pathways : 아마도 다운받아야 할 듯...
  - kegg pathways : 이것 역시 다운...
  - homology tables :
  - resources : 누르면 GeneSpring GX Extras가 나옴... 아마도 다운 받으라는 소린거 같음...
  - import data : .gpr 데이타를 넣어준다... 여기서 넣지 않고 파일을 드래그해서 넣을 수도 있음... plate에 .gpr파일을 드래그해서 넣는다... -> next
    - -> next -> ok -> yes -> sample attributes (각 데이타에 대한 내용을 자세히 적는다.) -> yes -> save new experiment : 이름을 정하고 save
  - new experiment checklist
    - normalization : 왼쪽에는 list -> 그냥 ok
    - parameters : new parameter (변수에 해당하는 내용도 적어준다.)
    - experiment interpretation
    - error model

2006-05-09

오늘 드디어 펀드에 가입했다... 우리은행에 브릭스라는 상품하고 미래에셋에 친디아라는 상품... 브릭스는 매달 10만원씩이고, 친디아는 매달 20만원씩... 브릭스는 주식비율이 60%이고, 친디아는 주식비율이 90%이다... 둘다 추가납입이 가능... 최대한 아껴서 생활하고 나머지는 추가납입해야지... 참...중요한 사항...매달 10일에 돈이 빠져나간다...

2006-05-08

2006-05-13 낙지 결혼식 전 모임

장소 : 사당역 7시

2006-05-01

마이크로어레이 자료 통계분석 특강

일시 : 2006/05/12 ~ 2006/05/12
장소 : 방송통신대학교 (4호선 혜화역) 별관 세미나실
URL : http://bric.postech.ac.kr/uw2/dispatcher/demo/event/detail_new.html?id=3239
attachment:방송통신대학_06-05-12.doc

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  Editor: 211
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+-05-12="마이크로어레이자료통계분석특강"
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== 2006-05-10 ==
GeneSpring_GX 입문...
 * genome 서열 만들기
  * 우선 .gpr파일을 준비한다. -> chip 데이타가 저장된 파일
  * .gpr파일 안에 ID(RefSeq, GA etc.)를 복사해서 엑셀의 A열과 J열에 복사한 다음, 탭으로 분리로 저장한다.
 * 프로그램에 깔기
  * import genome -> create a custom genome (tab-delimited file) -> next -> 아까 만든 파일을 넣어준다.
  * annotation type -> systemetic name -> next -> yes
  * duplicate identifiers : ignore duplicates, use first entry -> ok
  * import genome sequence (나중에 설정) -> next
  * web links : add standard link -> click (데이타베이스 선택) -> next
  * save new genome : 이름 및 기타 설정 -> save
  * new genome checklist : 데이타베이스에서 데이타를 가져온다
   * gene spider : 체크된 데이타베이스에서 데이타를 업데이트한다. (시간이 좀 걸림) -> accept changes -> save and close
   * make gene lists : 말 그대로 gene list를 만든다. -> ok
   * build ontology : 말 그대로 ontology를 만든다. (시간이 상당히 걸림) -> ok
   * genmapp pathways : 아마도 다운받아야 할 듯...
   * kegg pathways : 이것 역시 다운...
   * homology tables : 
   * resources : 누르면 GeneSpring GX Extras가 나옴... 아마도 다운 받으라는 소린거 같음...
   * import data : .gpr 데이타를 넣어준다... 여기서 넣지 않고 파일을 드래그해서 넣을 수도 있음... plate에 .gpr파일을 드래그해서 넣는다... -> next
     -> next -> ok -> yes -> sample attributes (각 데이타에 대한 내용을 자세히 적는다.) -> yes -> save new experiment : 이름을 정하고 save
   * new experiment checklist 
    * normalization : 왼쪽에는 list -> 그냥 ok
    * parameters : new parameter (변수에 해당하는 내용도 적어준다.)
    * experiment interpretation
    * error model

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== 2006-05-09 ==
오늘 드디어 펀드에 가입했다...^^ 우리은행에 브릭스라는 상품하고 미래에셋에 친디아라는 상품... 브릭스는 매달 10만원씩이고, 친디아는 매달 20만원씩... 브릭스는 주식비율이 60%이고, 친디아는 주식비율이 90%이다... 둘다 추가납입이 가능... 최대한 아껴서 생활하고 나머지는 추가납입해야지...^^ 참...중요한 사항...매달 10일에 돈이 빠져나간다...

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== 2006-05-08 ==
2006-05-13 낙지 결혼식 전 모임
 * 장소 : 사당역 7시
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== 2006-05-01 ==
마이크로어레이 자료 통계분석 특강
 * 일시 : 2006/05/12 ~ 2006/05/12
 * 장소 : 방송통신대학교 (4호선 혜화역) 별관 세미나실
 * URL : http://bric.postech.ac.kr/uw2/dispatcher/demo/event/detail_new.html?id=3239
 * attachment:방송통신대학_06-05-12.doc

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