2005-11-30

파이어폭스 1.5가 출시되었다.

• 새로운 기능

어제 biohackersnet의 서버가 다운되서 아무일도 못했다(?)는 이야기는 사실이 아니고, 그냥 일을 하는데 뭔가 빠진 느낌이었음. 이런일을 두고 '몸에 베었다'라고 하는 듯.

• 저랑 비슷한 증상이십니다. 으흐.. 앞으로는 이런일이 없도록 할께요. -- yong27 2005-11-30 13:50:29

2005-11-25

• [BASE]를 최적화하는 것에 문제가 있다.
• Reporter information의 column을 원하는 field로 바꾸는 것.
• Affy chip의 reporter information을 분석한 결과와 match시키는 것.
• chip data를 [R] package로 분석하고, 그 결과를 [BASE]에 upload한 후 web에서 보여주는 것.

2005-11-24

조금전에 어제 갔다온 workshop에 관한 내용을 썼다가, 저장하지 않고 browser를 닫는 바람에 다 날라갔음. 이런 OTL 스런 일이....때문에 간단히 소감을 쓰면 그동안 혼자서 삽질하느라 앞으로 해보려고 생각만 했던 내용들을 직접 구현해 놓은 것을 보고, 처음에는 허걱하였으나 결과적으로는 나의 삽질이 줄어들고 나의 연구에 적용해 볼수 있을 것같아서 happy해졌음. 어제들은 내용들은 정리해 놓을 예정.

• New clues to the dark side of a key anti-tumor guardian -- Biology News Net

{{| The p53 protein is known to be a critical player in our body's natural defense against cancer--it is absent in many types of tumor cells--but it also represents an intriguing paradox when it comes to the broader roles this protein plays in our well being. Past work has shown that in animal models, hyperactivation of the p53 protein is beneficial in terms of bestowing extra protection against tumor formation, but at the same time it has a significant negative effect: a shortening of lifespan, accompanied by hallmarks of accelerated aging, including osteoporosis, decreased stress resistance, and organ atrophy. |}}

:p53 유전자는 위에 나와 있듯이 major tumor suppress gene으로 알려져 있었고, 대부분의 cancer에서 유전자의 mutation이나 expression이 down되는 것으로 나타남. 이번 내용은 이 유전자가 activation되면 aging이나 다른 기능에도 연관이 있다는 내용.

2005-11-23

• 컴맹과 생맹 -- 박종화박사님 칼럼

2005-11-21

대략 계산해 보니, 일주일만에 기록하는 것 같다. 갑자기 여기저기서 일거리가 밀려오는 통에 뭘 제대로 할 수 없었음. 이제 평상심을 찾고 일상으로 돌아와서 일을 수행할 것임. 생각도 정리해야 할 문제가 많음.

2005-11-15

• Many needles, many haystacks -- Biology News Net

• Download site

{{| Or like looking at a line of automobiles and trying to decide which one a bulky motor fits into – versus trying to find where a tiny screw goes. Linear motifs are so small that it is hard to tell what features allow them to bind to other molecules. Now Victor Neduva, a PhD student in Russell's group, has developed a method to scan molecules and tease out new linear motifs. |}}

[BASE]를 1.2.16에서 1.2.17b로 upgrade시킴. 그러나, 요 아래의 affy data를 [BASE]에서 넣고 분석하는 것은 실패하였음. 대략 이유를 설명하자면, [BASE]에서는 각 chip probe의 위치를 block, row, column으로 지정하여 인식하는 방식이고, two-channel experiment에 적합한 시스템인데, affy chip은 one-channel system이다. 그래서 지금까지 조사해 본 결과 어차피 plug-in으로 분석하기에는 개발된 plug-in이 별로 없는 것으로봐서 그냥 BioConductor로 분석하고, 그 결과를 [BASE]에 넣고, web에서 다른 user들이 볼 수있게 만드는 것이 좋을 듯 싶다. 결국은 또 다른 삽질이 날 기다리고 있다는 이야기. 조금 더 발전이 된다면 직접 연동이 가능한 plug-in을 개발하는 것도 좋을 것 같다.

AnswerMe

혹시 좋은 생각이 있으신 분들은 많은 조언을 부탁드립니다.

2005-11-10

요즘 아침잠이 너무 많아져서 늦게 일어나고 있다. 에휴~~ 정신차리자!!!

실험실에 있는 Affymatrix chip data는 raw data가 아니라 [BASE]에 넣을 때 일반적인 방법으로는 안됨. 오늘부터 Affy data를 [BASE]에 넣고 plug-in으로 분석하고 결과를 출력할 수 있는 것까지 완성해 볼 예정. 아자 아자~~~

2005-11-09

[BASE]에서 repoter file의 column을 원하는 것으로 추가 혹은 삭제하는 문제 해결. [BASE] Tips에 올려 놓았음.

Web 2.0에 대한 링크들 -- 이장님 블로그

2005-11-08

* 귀담아 두어야 할 내용 -- 안철수사장의 칼럼 {{| 미래형 개발자의 요건

시간이 흐를수록 모든 분야가 점점 더 어려워질 것으로 보인다. 미래에는 두각을 나타내려면 최소한 두 분야 이상의 깊이 있는 전문 지식을 가지고, 그것들을 바탕으로 다른 사람이 만들어내지 못하는 새로운 것을 만들어 내는 사람, 다른 사람 또는 다른 부서와 열린 마음으로 잘 협조할 수 있는 사람, 큰 시야와 창조적인 마인드를 가진 사람만이 성공할 수 있을 것이다. |}}

MS, 윈도우즈 라이브로 구글 따라 잡는다 -- Channy's Blog

• : 이제는 MS에서도 web application으로 전환하는 쪽으로 주류가 옮겨가는 것 같다.

2005-11-07

생각을 정리하는 하루.

Technique offers new view of dynamic biological landscape -- Biology News Net {{| A new technique for analyzing the network of genetic interactions promises to change how researchers study the dynamic biological landscape of the cell. The technology, which is called epistatic mini array profiles (E-MAP), has already been used to assign new functions to known genes, to uncover the roles of previously uncharacterized proteins, and to define how biochemical pathways and proteins interact with one another. |}} 원문 Download

2005-11-03

어제 과학논문을 영어로 작성하는 방법에 관한 강의를 들었다. 여러모로 많은 정보를 얻을 수 있었다.

변화하는 가치 유통구조 -- 태우's log

2005-11-02

BASE의 실행방법을 전반적으로 수행해 보았다. 이제 실험실의 server를 optimization해야 되고, 그 중에서 raw data의 information에 관한 것과 분석에 필요한 plugin에 관해서 생각해 보아야 함. 새로운 소식이 있다. 오늘 [BASE] site에 가보니 1.2.17 version이 새로이 release되었고, plugin development를 [Trac]을 이용해서 개발하고 있었다. 역시 [Trac]인가보다. (나는 아직 잘 모르는게 많지만.)

2005-11-01

역시 정확한 이유를 모른채 문제가 해결된 경우에는 나중에 또 문제가 생겨도 해결하지 못하거나 그 당시의 원인으로 인해서 더 큰 문제가 생길 수 있다. 지난번 [BASE]에서 job이 실행되지 않아서, 이것저것 건들었더니 실행이 되서, 잘 되는줄 알았더니 괜히 database의 table을 지운 것이 문제가 되서 계속 실행이 안되는 문제가 발생. 결국 [BASE]의 mailing list를 search하여 해결하였다. 대략 2일을 허비.. 앞으로는 정확한 문제점이 무엇인지 파악한 후, 해결하는 습관을 길러야 겠다. 우연한 해결은 별 도움이 안됨...

이번달에 교훈으로 삼을 내용. {{| Don't use time or words carelessly. |}}

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