2006-09-29

• scientists use gene signatures to match cancer and other diseases with potentially effective drugs -- Biology News Net

{{|The gene signatures are captured by devices called microarrays, or "gene chips," that take a snapshot of the tens of thousands of genes at the heart of every cell. The Connectivity Map system is based on the difference in gene activity patterns -- which genes are active, which are inactive -- in a disease cell compared with a normal cell, or a cell before it has been treated with a drug and after the drug has been administered. Usually there is a group of 100 or more genes whose activity differs between one state and the other: That set of genes makes up the signature. |}}

• : [Cancer]를 치료하기 위해 투여하는 약물은 정상세포에게도 치명적인 영향을 주기도 하고, 인간의 유전적인 차이에 의해서 어떤 사람에게 효과적인 약물이 다른 사람에게는 효과가 없는 경우가 많다. 위 내용에서는 특정 질병과 관련된 세포에게 여러가지 약물을 처리한후 전체적인 [Gene]의 발현변화를 MicroArray실험을 통해서 확인하고 그 결과를 Database화 시켰다는 것으로, 이 결과를 이용해서 특정한 질병의 치료에 관련된 약물투여를 미리 확인해서 조금 더 효과적인 치료가 가능하며, 특정 질병을 치료하기위한 새로운 약물이나 천연물을 개발하는 데에도 도움이 된다.

2006-09-28

• 어느 독서광의 일기 -- EBS 지식채널 e

{{| 재주가 남만 못하다고 스스로 한계를 짓지말라.

나보다 어리석고 둔한 사람도 없겠지만

결국에는 이룸이 있었다.

모든 것은 힘쓰는데 달렸을 따름이다.

<김득신이 스스로 지은 묘비명에서> |}}

2006-09-27

• 시스템생물학은 시스템이론을 생명과학에 응용하여 생체 구성요소들의 상호관계와 상호작용을 분석, 규명함으로써 생명현상에 대한 시스템 차원의 이해를 도모하는 학제간 신기술 융합분야다. 시스템생물학은 생체 구성요소들이 개별적으로 존재할 때에는 보이지 않지만 상호작용을 통해 새롭게 표출되는 생물학적 기능을 탐구하는 데 그 초점이 있다.

• 시스템과학([SystemsScience])을 다루어온 시스템이론([SystemsTheory])을 개념적으로 요약하면 단순한 기술적 지식의 총체라기보다는 어떠한 물리적 현상 또는 그 대상체의 상태변수들간 상호관계 및 동역학 특성 등을 규명하고 이를 바탕으로 외부의 인위적 조작을 통해 원하는 출력, 성능 등을 획득함으로써 분석 및 예측 가능한 모델을 정립할 수 있도록 하는 체계적 사고의 방식이라 할 수 있다.

• what animals can tell us about hemorrhage organ transplants and aging -- Biology News Net

: 생물학연구는 실험실에서 하얀 옷을 입고 현미경을 들여다 봐야만 하는 것은 아니다. 자연에서 수없이 많은 생물들이 우리들이 상상할 수 없는 다양한 방법으로 살아가고 있으며, 그들의 환경적응 방법을 관찰하여, 인간의 질병연구에 적용하는 것도 매우 중요하다. 왜냐하면, 그들은 오랜 세월동안 환경에 적응해온 시스템이기 때문에 아무런 문제가 없는 최적의 방법을 사용하고 있을 것이기 때문이다. 연구하는 관점에 있어서도 다양한 생각과 시각을 갖는 것이 중요하다.

• jumping gene could provide nonviral alternative for gene therapy -- Biology News Net

{{|"If we want to add a therapeutic gene, we can put it within the transposon and use it to deliver the gene into the cell," says Dr. Joseph M. Kaminski, radiation oncologist at the Medical College of Georgia Cancer Center and a corresponding author on research published the week of Sept. 25 in the online Proceedings of the National Academy of Sciences Early Edition. "You can use these wherever retroviruses have been used." |}}

• : 기존에 GeneTherapy를 하기위해선 바이러스([Virus])를 변형시켜, [Virus] [Gene]안에 원하는 [DNA]를 넣고 그것을 투여하여 문제가 있는 위치에 들어가게 하는 방법을 사용하였는데, 이번 연구에서는 [Transposon]이라는 일종의 [Vector]를 이용하여 [GeneTherapy]에 사용하려 했다는 내용. 바이러스 [Vector]의 경우 [Cell]내로 들어가거나 그 이후 target Gene이 [Chromosome]에 들어가는 효율성에 있어서 뛰어났지만, 바이러스가 들어오면서 [ImmuneResponse]가 일어나기도 하고, 병원성을 제거하더라도 다시 [Mutation]에 의해 병원성이 생겨나기도 하여 여러 부작용이 발생했다. 위의 내용을 보면 [Transposon]의 경우 원하는 위치에 들어가는 특이성이나 효율성은 떨어지지만 바이러스와 같은 부작용이 없고, 조작이 쉽다는 면에서 특이성과 효율성을 올리면 [GeneTherapy]에 이용가능 할 것이다.

2006-09-26

{{|Systems biology is the study of the behavior of complex biological organization and processes in terms of the molecular constituents. Systems biology attempts all of this through quantitative measurement, modeling, reconstruction,and theory. The success of systems biology is essential if we are to understand life; its success is far from assured to good field for those seeking risk and adventure. Mark Kirschner (Cell, 2005) |}}

• 서울대에 계시는 조광현교수님의 SystemsBiology강연을 듣다. 느낌은 한마디로 머리에 충격을 받은 것이랄까.. 그동안 생각해왔었던 연구에 대한 고민의 방법적인 대안이라는 생각이 들었다. 이제 열심히 공부하고 지금 하고있는 연구에 조금씩이라도 적용하려 노력하는 일만 남았다. 물론, 수학, 컴퓨터공학, SystemsScience를 다 이해하기는 힘들겠지만.

2006-09-25

• Glossary of Dynamical Systems Terms -- NIH

"21세기의 비지니스 시스템은 인간이 가진 능력을 최대한 발휘하게하는 환경, 인간이 가장 효과적으로 학습하는 환경과 조화를 이루어야만 합니다." -- [TheInnerGameOfWork]중에서

2006-09-21

• walking not enough for significant exercise benefits -- Biology News Net

{{|"Our concern is that people might think what matters most is the total number of daily steps accumulated, and not pay much attention to the pace or effort invested in taking those steps," Dr. Harber said. "The 10,000-step or pedometer-based walking programs are great for people--they are motivating, and provide an excellent starting point for beginning an activity program, but to increase the effectiveness, one must add some intensity or "huff and puff" to their exercise. Across your day, while you are achieving those 10,000 steps, take 200 to 400 of them at a brisker pace."|}}

2006-09-19

• twofaced protein can stop metastasis or promote it researchers say -- Biology News Net

{{|They found that p120 "prefers" to bind to E-cadherin, rather than to mesenchymal cadherins. So in normal epithelial cells p120 always associates with the more abundant E-cadherins. But when E-cadherin production is lost during the progression of cancer, p120 catenins begin binding to mesenchymal cadherins. And when that happens, the researchers found that p120 unexpectedly switches on a cascade of events that promote cell movement.|}}

• : [Cancer]가 다른 질병에 비해서 위험한 것은 한 곳에서 자라다가 다른 곳으로 이동하는 [Metastasis]라는 과정을 통해 다른 장기로 이동하여 자라기 때문에 처음 발견된 곳을 수술로 제거 하더라도, 다른 곳에서 다시 자라는 경우가 많이 발생하고 이를 차단하기 위해서는 단 한개의 [Cancer] Cell이라도 없애기 위해 [ChemoTherapy]나 [RadioTherapy]와 같은 정상 세포에도 막대한 영향을 주는 치료방법을 쓰게 된다. 만약, [Cancer]의 [Metastasis]과정을 억제시킬 수 있다면 [Cancer]가 발견되더라도 그렇게 걱정할 필요는 없을지 모른다. 정상적인 세포들은 [EpithelialCell] type으로 자라는 데, 이 때에는 [Cell]내에서 E-cadherin란 단백질이 [Cell]과 [Cell]사이를 연결시켜주기 때문에 구조를 유지하고 [Cell]이 떨어져 나가는 것을 방지하고 있는데, [Cancer] cell은 "mesenchymal" cardherin이 만들어져서 [Cell]끼리 느슨한 연결상태가 되고 이것 때문에 다른 곳으로 이동하기 쉽게되는 것이었다. 이 연구에서는 "epithelial-mesenchymal transition"(EMT) 과정에서 p120 catenin이 두가지 [Cell] type 모두에서 작용하며, 정상적일때에는 E-cadherin과 결합하지만, E-cadherin의 생산이 [Cancer]화가 진행되면서 중단되면, mesenchymal cadherin과 결합을 하게되고 이로인해서 [Cell] movement를 촉진하는 데 관여한다는 사실을 알게 되었다.

2006-09-18

• 인사이트에서 [AltLang]2006때 나누어준 팔찌를 보내주었다.

• Cancer Research에서 systemic approach의 관점과 방법에 대하여 생각중...

어제 KLDP 10주년기념 conference에 다녀왔다. 여러가지 오픈소스에 관련된 이야기들과 CWEB에 대하여 새로운 내용을 듣게 되었다.

2006-09-16

• newly discovered behavior in cancer cells signals dangerous metastasis -- Biology News Net

{{|In cancer cells, the splicing machinery goes awry -- as do myriad functions within the cells. When the splicing process proceeds one way, the cells become mesenchymal. Spliced another way, the cells turn epithelial.

According to Garcia-Blanco, the cellular switch that is believed to guide the regulation of splicing is a protein called Fox. Both mesenchymal and epithelial cells produce Fox, but the protein is active only in epithelial cells, Garcia-Blanco said. |}}

• : [Cancer]가 다른 곳으로 전이되는 과정과 그 곳에서 다시 안정화되어 자라는 것은 전혀 다른 상황이고 각각의 cell type은 다른데, 전이 될때는 MesenchymalCell type이고 안정화될 때에는 EpithelialCell type으로 바뀌게 된다. 이 논문에서는 그런한 과정이 irreversible한 것이 아니라 "toggle switch"처럼 자유자제로 변화될 수 있다는 것을 알게 되었고, 그 과정은 AlternativeSplicing이란 방법을 조절하면서 cell의 상태가 변화하다는 것을 밝힌 것.

• 인구 급감, 10년 뒤의 파국에 대비하라. -- 이정환닷컴

전에 북세미나에서 유엔미래보고서란 내용의 세미나를 들은 적이 있었다. 그때의 내용은 매우 암울했는데, 그 이유는 바로 위의 내용처럼 우리나라가 맞게 될 인구감소에 따른 전반적인 침체에 대한 내용이었다. 세미나를 듣고 나서 나는 내가 알고있는 주변사람들에게 이 사실을 언급하며 출산율이 증가하지 않는다면 우리의 미래는 어둡다는 이야기를 했었는데, 다수의 여성분들의 반응은 애를 낳는 것은 힘들뿐아니라 키우기도 어렵고, 그 보다 먼저 결혼을 하기가 힘들다는 것이었다. 나 역시 노총각이지만...

지금 정부에서 내놓는 출산장려책으로는 어느 누구도 아이를 낳지 않을 것이라는 것은 남자인 내가 봐도 확실하다. 쉽게 이야기하자면, 사회 구조적으로 지금 이시대의 결혼적령기에 있는 남녀들은 여러 상황때문에(취직이 어렵다는 것은 모두 알것이고, 결혼에 필요한 자금 및 주택마련등) 해가 갈수록 늦춰지고 있으며, 이로인해 늦게 결혼하게된 부부들은 맞벌이로서도 생활비를 감당하기 힘든 마당에 직장에서 눈치보면서 출산을 하려고 노력하기보다는 오히려 갑자기 아이가 생겼을 경우, 혹시 퇴직을 강요당하거나 승진에 불이익을 받을까(안그래도 여성들의 승진은 한계가 있다.) 걱정을 하게 된다. 이런 현실에서 감히 어느 여성들에게 "우리나라의 미래가 걱정되니, 애국하는 마음에서 아이를 많이 낳으십시요. 그래야, 우리나라가 살아날 수 있습니다."하고 이야기 할수 있을까?

내가 생각하는 최선책이란, 이런 문제를 정부의 탓으로 돌리고 정부에게 하루 빨리 출산장려책을 마련하라는 방법으로는 개선이 될 수 없다고 생각한다. 우선, 위의 내용처럼 분명한 사실을 널리 알리고 정부 뿐만아니라 우리 모두가 앞에서 적은 내용과 같은 실질적인 문제점들을 조사하고, 당장의 해결책을 급하게 발표(아이 3명을 낳은 집에는 세제감면이나 주택청약에서 당첨우선순위를 준다는 것등)할 것이 아니라, 시간이 걸리고 그 변화가 눈에 보이지 않더라도 지금 우리사회의 총체적 문제인 교육, 주택, 빈부의 격차, 여성지위의 향상, 결혼에 대한 사회의식등의 전반적인 사회구조와 국민의 인식변화가 중요할 것이다. 문제가 많을 수록, 마음이 급해지고 처음에는 의욕적으로 일을 추진하다가 결국에는 얼마 지나지 않아 변화가 없는 것을 보고 그냥 포기하여 방치해두는 사례를 많이 봐왔다. 시간이 걸리더라도 한발씩 앞으로 나아가는 것이 중요하고, 그 방법이 더디더라도 핵심사항과 관련된 것일수록 효과는 크다. 우리 모두가 생활하고 있는 대한민국이 영원하기를 바란다면 그냥 앉아서 정부를 비판하는 것이 아니라, 정부에 도움이 될 만한 의견을 제시하고, 그것이 힘들다면 국회의원을 뽑을 때 이런 문제에 대하여 고민하고 의견제시를 했던 의원이 누구였나 살피며, 남성들도 여성들이 출산을 하기에 좋은 직장을 만들려면 어떻게 해야하는지 고민해야 한다.(내 아내나 어머니 혹은 가족의 일원이라고 생각하면 쉽게 풀릴지도 모른다.)

2006-09-15

• mits molecular sieve advances protein research -- Biology News Net

{{|The sieving process is based on a theoretical model known as the Ogston sieving mechanism. In the model, proteins move through deep and shallow regions that act together to form energy barriers. These barriers separate proteins by size. The smaller proteins go through more quickly, followed by increasingly larger proteins, with the largest passing through last.|}}

• : 보통 실험실에서 단백질을 size에 의해서 분리하는 방법은 agarose gel이라는 구멍이 나있는 한천같은 것에 시료를 넣고, 전기적인 흐름을 걸어주면(electric field) 단백질의 크기에 따라 이동하게 된다. 여기서는 Ogston sieving mechanism을 이용하여, 정교하게 pore size를 조절하여 빠르고 쉽게 단백질을 정제할 수 있는 장치를 개발한 것.

2006-09-14

• 매일 한가지 주제에 대하여 목표를 달성하기 위한 20가지 아이디어 짜내기. 그리고, 곧바로 실천할 수 있는 한가지를 고른 후 행동에 옮길것. 이런 방법은 자신의 아이디어를 도출시키고 그것을 진행하는 것에 대한 두려움을 없애주며, 자신의 생각을 더 많이 표현할 수 있게 된다.

• motorola researchers develop selective sensors based on carbon nanotubes -- Biology News Net

{{|"Our sensor is based on the novel properties of peptides and carbon nanotubes," Tao explained. "Peptides can be used to recognize and detect various chemical species with high sensitivity and selectivity while carbon nanotubes are well known for their electronic properties."|}}

• : carbon nanotube에 특정 chemical과 반응하는 peptide를 부착시켜서 다양한 소량의 chemical compound를 검출하는 방법을 개발했다는 내용. 만약 모토로라에서 핸드폰에 이 기능을 추가시킨다면, 우선적으로 보안요원들은 구매를 하지 않을까 생각됨.

2006-09-13

• air travel and flu post911 restrictions delayed start of season -- Biology News Net

{{|The researchers analyzed government records on deaths from flu and pneumonia in cities from nine regions of the US between 1996 and 2005. For each year, they determined the time it took for the epidemic to spread across the country and the date of the national peak in flu deaths. They used government estimates of passenger air travel to explore any connection with the timing of the annual flu epidemics.|}}

• : 미국에서 비행기 여행객의 증가와 독감환자의 사망이 급증한 날자와의 연관성을 조사한 결과 비행기 여행객의 증가가 둔화된 해에는 독감환자의 증가가 최고치에 이르는 날짜(the peak date of the US flu season)가 다른해에 비해서 늦어진다는 사실을 발견했다. 즉, 왕래가 적을 수록 다른 곳에서 발생한 독감이 퍼지는 속도가 늦춰진다는 얘기. 흥미로운 사실은 평균적인 flu peak date가 2월 17일인데, 2002년에는 13일이나 늦게 나타났으며, 그 원인은 2001년 9월11일에 발생한 테러에 의해 비행기 여행이 제한 되었기 때문이라는 것. 결론은 비행기 여행이 peak date와 flu의 확산에 영향을 준다는 것이다. 조금 딴소리를 하자면, 뭔가 찜찜할 때 미국이 입국을 불허하는 구실로 이 논문의 근거를 내세울 것같은 느낌이 든다.

2006-09-12

• 어제 랩미팅 시간에 박사학위의 테마에 관한 발표를 하였고, 교수님으로 부터 연구를 진행하라는 허락을 받았다. 이제, 분석을 통해서 발견한 결과를 실험적으로 증명하는 단계로 전환하게 되는데, 솔직히 그 동안 pipette을 놓은지 4년이 지났기 때문에 잘 할 수 있을지 걱정이 되고, 또, 시스템적인 현상을 어떤 실험방법으로 증명할 것인가에 관한 답은 아직 결정하지 못한 상태이다. 그러나, 연구의 결과보다는 내가 생각한 방법으로 데이터를 분석하고 앞으로 연구하려고 생각한 시스템적인 관점에서 현상을 밝히는 과정에서 발생하는 시행착오나 실패는 매우 중요한 경험이 될것이라 생각하고, 이를 통해서 나의 연구에 대한 생각도 점차 구체화 될 것이라 생각한다.

• 마음 속에서 알을 키우자. -- [Perky]'s blog

  • : 나의 마음 속에 알은 몇개나 되나?

2006-09-10

유용한 정보의 링크

• hof blog를 통해서 About willy의 블로그를 알게 되었고, 여기를 통해서 하철민선생님의 이야기를 보게 되었다. 예전에 인간극장을 통해서, 미국에서 번듯한 직장을 가지고 심지어 결혼을 한 상황에서 아버지께서 평소에 "항상 나의 조국에 감사하게 생각하고, 보답을 해야한다."는 말씀을 따라 한국에 와서 사병의 신분으로 군복무를 하는 한 재미교포의 사연을 보게 되었다.

내가 본 장면은 처음으로 백일휴가를 나와서, 다른 사람들처럼 가장 먹고싶었던 햄버거를 나오자마자 두개나 사먹고 기차를 타고 서울에 있는 부인집(친정집)으로 가서, 장모, 장인어른께 인사를 하고 공부를 위해 미국에 가 있는 아내가 보내온 비디오를 보고 눈물짓는 장면들이었다. 그때 당시의 생각은 군대에서 별로 좋은 기억이 없고, 우리나라의 사회상이 모두 군대문화에서 비롯된 것이라는 생각을 가지고 있는 나로서는 "고생만 하다가, 오히려 우리나라의 안좋은 면을 보게되는건 아닌가"하는 생각이 들었었다.

그런데, 여성동아의 기사를 통해서 우리나라에서는 불가능이라고 생각되는 실업계 고등학교 학생들을 미국의 대학에 합격시켰다는 사실을 보고, 그의 아버지에게 직접 찾아가서 절이라도 하고 싶은 마음이 들었다. 한 아버지의 좋은 생각이 아들의 행동에 변화를 주었고, 그 사건으로 인해서 14명이나 되는 학생들이 자신은 불가능할 것이라는 생각에서 벗어나게 된 계기를 만들어 주게 되었으며, 예상컨데 그 열네명의 제자들은 사회에 나와서 더 많은 사람들에게 몸소 자신이 받은 선생님의 사랑을 남들에게 전파할 것이며 여러가지 다양한 불가능해 보이는 일들에 서슴치 않고 도전할 것이라 생각한다. 나와 생각이 비슷한 사람들의 블로그를 구독하고 있는데, 그런 사람들을 통해서 서로의 생각들을 공유하게 되며 또 다른 좋은 사람들을 알게 되는 것 같다. 이런 사실들로 인해서 오늘 하루는 무척 감동적인 하루다.

2006-09-09

• TheTakahasiMethod -- Wikipedia

• genetic surprise confirms neglected 70yearold evolutionary hypothesis -- Biology News Net

  • : "어떤 gene이 원래의 위치에서 다른 위치로 jump up하게 되면, 진화적으로 다른 species가 된다."는 아주 오래된 학설이 연구를 통해 증명됐다는 내용. 내용이 무척 인상적임.

2006-09-07

• 대부호의 비밀이 꽉차있는 과자 -- Webdizen

  • : 고맙습니다. 감사합니다. 감사합니다. 감사합니다. 감사합니다. 감사합니다.

• 조선닷컴의 인터뷰를 거절했습니다. -- 무명가수의 다이어리

  • : 손해를 보더라도 자신의 신념을 지키는 것은 중요하다.

어제 저녁에 술 먹으면서 쑈킹한 이야기(I was shocked!!!)를 듣고, 그동안 간만에 먹지 않았던 술을 다 먹고 뻗었다. 그래서, 오늘은 자체적으로 휴가 입니다.

• 얼마나 쇼킹하길래 술을 많이 드셨을까 궁금해지네요. -- cyppi 2006-09-08 06:40:25

2006-09-06

• [TheInnerGameOfWork]을 읽다.

2006-09-05

• anticipation plays a powerful role in human memory brain study finds -- Biology News Net

  • : 단순한 공포와 같은 상황을 예상하는 것만으로도 뇌에서는 long term memory의 저장상태로 바뀌기 때문에, 개인에게 충격적인 경험들이 오래도록 잊혀지지 않는 다는 연구내용.

2006-09-04

• AltLang2006 후기 : 대안언어축제의 여파를 직접 느낄 수 있는 곳.

  • 내가 느낀 것을 적자면, 색다른 언어와 새로운 사람들과의 교류를 통해서 나 자신에게 앞으로 무엇을 할 것인가, 어떻게 살것인가에 대한 화두를 던지는 것 같은 느낌이랄까. 한동안 곰곰히 생각해 볼 내용이라 생각된다. 그리고, 항상 내가 있는 곳에서 머물러 있으려 노력해야겠다.
• 윈도우XP에서 안전모드에서 시스템복구하는 방법

1. 바탕화면이 실행되는 경우 : 시작 -> 실행 -> msconfig -> 시스템구성유틸리티 -> 시스템복원기능버튼

2. 전혀 실행이 안되는 경우 : Ctrl+Alt+del 동시클릭 -> 작업관리자 -> 파일 -> 새작업실행 -> %systemroot%\system32\restore\rstrui.exe를 실행

• CategoryWebLogTerra