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ParserDesign

[BioPythonTutorial/Advanced]

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Chap 4.4 SubstitutionMatrix

Contents

  1. SubsMat

SubsMat

이 모듈은 [BLOSUM], [PAM] matrix등과 유사한 [SubstitutionMatrix]를 생성해내는 몇몇 루틴과 클래스를 제공한다. 여기서의 matrix들은 사용자 제공 데이터에 기준한 것이다. 참고로 MatrixInfo.py에서 적당한/잘 만들어진 matrix를 선택할 수 도 있다.

class SeqMat(UserDict.UserDict)
  1. 속성들
    1. self.data :
    2. self.alphabet :
    3. self.ab_list :
    4. self.sum_letters :
  2. 메쏘드들
    1. init

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