BioHackersNet치환행렬, 혹은 점수행렬. ScoreMatrix로도 불리운다.
어떤 AminoAcid가 다른 AminoAcid로 치환되었을때, 전체적인 단백질에 영향을 미치는 매우 통계적이고 확률적인 정도라고 의미를 둘 수 있으며, SequenceAlignment, PairwiseAlignment 수행시, AminoAcid의 비슷한 정도라고도 표현 할 수 있다.
NucleicAcid SubstitutionMatrix
Score matrix (set by value of penalty: -2)
A C G T N X
A 1 -2 -2 -2 0 -3
C -2 1 -2 -2 0 -3
G -2 -2 1 -2 0 -3
T -2 -2 -2 1 0 -3
N 0 0 0 0 0 0
X -3 -3 -3 -3 0 -3AminoAcid SubstitutionMatrix