BioHackersNetNature genetics vol 36. september 2004 서울대 김희발교수
Estimating rates of AlternativeSplicing in mammals and invertebrates
EstimatingRatesOfAlternativeSplicingInMammals.pdf
관련자료
2002년경 Gene당 AlternativeSplicing의 빈도는 고등동물이나 아닌것이나 유사하다고 알려졌으나, 그것에 대한 반박. 새로운 계산방법을 제시하고, 그것에 의하면 복잡한 종일수록 그 빈도가 증가했다고 함. 인간의 경우 Gene당 평균 3.7개의 splicing variants존재.
하지만, reply부분에 이에 대한 반론이 실려있다. hidden biases가 작용해서 그렇다는 것. 어떤것들이냐면,
EST coverage 많을 수록 많은 AlternativeSplicing으로 표기될 TIGR contigs의 수가 증가할것이라는것
EST자체가 이미 많은 오류를 내포한다. 따라서, EST coverage가 많음은 결과치를 많게 하는 쪽으로 작용.
고등생물의 경우, 특정조직에서 EST를 실험하는 경우가 많음. 이미 biased됨.
AnswerMe : 올려주신 논문을 읽어 봤는데, 잘 모르겠는 부분이 있네요. 저자는 mRNA sequence 와 EST contig sequence 를 비교 하여 다른 부분을 AlternativeSplicing 이라고 가정하여 count 한것 같은데... 왜 위의 두개를 비교 하지요? EST 는 보통 cDNA와 관계가 있지 않던가요? cDNA는 mRNA에서 만들어진 것 아닌가요? 그러면 pre-mRNA 와 EST를 비교해야 하지 않을런지...누가 읽어 보고 답변 좀............. --DrPepper
AlternativeSplicing이 원본 pre-mRNA에서 다양한 m[RNA]가 만들어지는것이라면, pre-mRNA를 parent. mRNA를 child라고 볼 수 있겠죠. 위 방법은 sibling, 즉 형제들끼리 얼마나 다른가를 본거죠. 이미 알고 있는 mRNA와, 잘은 모르지만, 다양한 형제들이 조합되어 있을 EST contig를 비교함으로써, 얼마나, variants들이 존재하는가를 알 수 있을껍니다. 참고로,pre-mRNA는 실험적으로 분리해 내기가 힘듭니다. Nucleus내에 있을 intron이 포함되어 있을 그것을 직접 추출 및 실험하는 것은 어려울것이고, 이 경우, DrPepper님 생각대로 하기위한 방법은 genomic sequence를 이용해서, 그것으로 부터, 확인하는 방법이 쓰일 수 있는데, 아직 많은 종이 genomic sequence가 알려지지 않았죠. --yong27, 2004-10-21