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[Nature] genetics vol 36. september 2004 서울대 김희발교수 [[Nature]] genetics vol 36. september 2004 서울대 김희발교수
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2002년경 [Gene]당 AlternativeSplicing의 빈도는 고등동물이나 아닌것이나 유사하다고 알려졌으나, 그것에 대한 반박. 새로운 계산방법을 제시하고, 그것에 의하면 복잡한 종일수록 그 빈도가 증가했다고 함. 인간의 경우 [Gene]당 평균 3.7개의 splicing variants존재. 2002년경 [[Gene]]당 AlternativeSplicing의 빈도는 고등동물이나 아닌것이나 유사하다고 알려졌으나, 그것에 대한 반박. 새로운 계산방법을 제시하고, 그것에 의하면 복잡한 종일수록 그 빈도가 증가했다고 함. 인간의 경우 [[Gene]]당 평균 3.7개의 splicing variants존재.
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 * [EST]자체가 이미 많은 오류를 내포한다. 따라서, EST coverage가 많음은 결과치를 많게 하는 쪽으로 작용.
 * 고등생물의 경우, 특정조직에서 [EST]를 실험하는 경우가 많음. 이미 biased됨.		  * [[EST]]자체가 이미 많은 오류를 내포한다. 따라서, EST coverage가 많음은 결과치를 많게 하는 쪽으로 작용.
 * 고등생물의 경우, 특정조직에서 [[EST]]를 실험하는 경우가 많음. 이미 biased됨.
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 AlternativeSplicing이 원본 pre-mRNA에서 다양한 m[RNA]가 만들어지는것이라면, pre-mRNA를 parent. mRNA를 child라고 볼 수 있겠죠. 위 방법은 sibling, 즉 형제들끼리 얼마나 다른가를 본거죠. 이미 알고 있는 mRNA와, 잘은 모르지만, 다양한 형제들이 조합되어 있을 [EST] contig를 비교함으로써, 얼마나, variants들이 존재하는가를 알 수 있을껍니다. 참고로,pre-mRNA는 실험적으로 분리해 내기가 힘듭니다. [Nucleus]내에 있을 intron이 포함되어 있을 그것을 직접 추출 및 실험하는 것은 어려울것이고, 이 경우, DrPepper님 생각대로 하기위한 방법은 genomic sequence를 이용해서, 그것으로 부터, 확인하는 방법이 쓰일 수 있는데, 아직 많은 종이 genomic sequence가 알려지지 않았죠. --[yong27], 2004-10-21  AlternativeSplicing이 원본 pre-mRNA에서 다양한 m[RNA]가 만들어지는것이라면, pre-mRNA를 parent. mRNA를 child라고 볼 수 있겠죠. 위 방법은 sibling, 즉 형제들끼리 얼마나 다른가를 본거죠. 이미 알고 있는 mRNA와, 잘은 모르지만, 다양한 형제들이 조합되어 있을 [[EST]] contig를 비교함으로써, 얼마나, variants들이 존재하는가를 알 수 있을껍니다. 참고로,pre-mRNA는 실험적으로 분리해 내기가 힘듭니다. [Nucleus]내에 있을 intron이 포함되어 있을 그것을 직접 추출 및 실험하는 것은 어려울것이고, 이 경우, DrPepper님 생각대로 하기위한 방법은 genomic sequence를 이용해서, 그것으로 부터, 확인하는 방법이 쓰일 수 있는데, 아직 많은 종이 genomic sequence가 알려지지 않았죠. --[[yong27]], 2004-10-21

Nature genetics vol 36. september 2004 서울대 김희발교수

EstimatingRatesOfAlternativeSplicingInMammals.pdf

관련자료

2002년경 Gene당 AlternativeSplicing의 빈도는 고등동물이나 아닌것이나 유사하다고 알려졌으나, 그것에 대한 반박. 새로운 계산방법을 제시하고, 그것에 의하면 복잡한 종일수록 그 빈도가 증가했다고 함. 인간의 경우 Gene당 평균 3.7개의 splicing variants존재.

하지만, reply부분에 이에 대한 반론이 실려있다. hidden biases가 작용해서 그렇다는 것. 어떤것들이냐면,

  • EST coverage 많을 수록 많은 AlternativeSplicing으로 표기될 [TIGR] contigs의 수가 증가할것이라는것

  • EST자체가 이미 많은 오류를 내포한다. 따라서, EST coverage가 많음은 결과치를 많게 하는 쪽으로 작용.

  • 고등생물의 경우, 특정조직에서 EST를 실험하는 경우가 많음. 이미 biased됨.

AnswerMe : 올려주신 논문을 읽어 봤는데, 잘 모르겠는 부분이 있네요. 저자는 mRNA sequence 와 EST contig sequence 를 비교 하여 다른 부분을 AlternativeSplicing 이라고 가정하여 count 한것 같은데... 왜 위의 두개를 비교 하지요? EST 는 보통 cDNA와 관계가 있지 않던가요? cDNA는 mRNA에서 만들어진 것 아닌가요? 그러면 pre-mRNA 와 EST를 비교해야 하지 않을런지...누가 읽어 보고 답변 좀............. --DrPepper

  • AlternativeSplicing이 원본 pre-mRNA에서 다양한 m[RNA]가 만들어지는것이라면, pre-mRNA를 parent. mRNA를 child라고 볼 수 있겠죠. 위 방법은 sibling, 즉 형제들끼리 얼마나 다른가를 본거죠. 이미 알고 있는 mRNA와, 잘은 모르지만, 다양한 형제들이 조합되어 있을 EST contig를 비교함으로써, 얼마나, variants들이 존재하는가를 알 수 있을껍니다. 참고로,pre-mRNA는 실험적으로 분리해 내기가 힘듭니다. [Nucleus]내에 있을 intron이 포함되어 있을 그것을 직접 추출 및 실험하는 것은 어려울것이고, 이 경우, DrPepper님 생각대로 하기위한 방법은 genomic sequence를 이용해서, 그것으로 부터, 확인하는 방법이 쓰일 수 있는데, 아직 많은 종이 genomic sequence가 알려지지 않았죠. --yong27, 2004-10-21

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