http://web1.ebc.uu.se/patch/swell/modules/modules_1/ex/GCskew/

DNA DoubleHelix는 양쪽 strand(leading, lagging)를 모두 고려했을 때, A=T, G=C임을 알 수 있다. (bcz ReverseComplement) 그러나 한쪽만 고려하면, 그 비율은 약간 차이가 난다. 이 차이를 이용해서 Prokaryotic[Cell]의 DnaReplication origin을 찾을 수 있다. 이때 쓰는것이 GC-Skew plot

GC-skew plot = ((G-C)/(G+C))

SlidingWindow로 구간별 GcSkew값을 구한후, plotting하면 반전/원점지나는 위치가 origin/terminus 이다.

GcSkew (last edited 2013-02-25 09:57:07 by 61)

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