Nature vol 440, 23 March 2006, KRIBB 박홍석 박사, todaewon님 참여,
Human chromosome 11 DNA sequence and analysis including novel gene identification
논문 및 기사
네이처 논문 Human chromosome 11 DNA sequence and analysis including novel gene identification
동아일보기사 인간 11번 염색체도 풀었다
HSA11은 HumanGenome의 4.4% 정도에 해당된다. 최초로 위치가 알려진 Gene인 HemoGlobin bege gene(11p15.5)가 있는 염색체이다. 꽤 많은 유전자들을 포함하고 있다. (1,2,19번 다음으로 많다.) DIGIT이라는 AbIntio GenePrediction을 이용했다.
HSA11 종합 정리
Chromosome property |
Value |
전체 길이 (bp) |
134,452,384 |
결정된 길이 (bp) |
131,130,853 |
알려진 단백질코딩 [Locus] |
1,195 |
신규 " " |
104 |
신규 transcripts |
221 |
반복유전자 |
4 |
Pseudogenes |
765 |
tRNA |
19 |
12 |
|
27 |
|
Gene coverage |
46.94% |
exon coverage |
2.70% |
후각 리셉터 유전자는 후생동물계(metazoan)에 multi-gene family 로 존재한다. HumanGenome에는 20, Y를 제외한 모든 염색체에 포함되어 있다. 대개가 하나짜리 엑손 유전자이며 평균길이는 약 1kb. HSA11에는 369개의 좌위가 발견되었는데, 이중 55%는 psedogene이다. 크게 두 분류로 나눌 수 있다.
Class 1 : 어류등에 존재했을 수용성 리간드를 위한 리셉터. HSA11에는 약 50%가 온전히 남아 있다. 이 영역은 beta-Globin cluster등에 의해 침범당하고 있다.
- Class 2 : 공기중 성분 감지 리셉터. mouse, rat, dog등에도 유사한 cluster가 있으나 인간의 것은 매우 다름. centromere에 의해 분리되었으며, 구조적 변화가 있음에도, 설치류의 것과 그 순서가 유지되고 있다는 점 등으로 미루어볼때, 공통조상으로부터 유래되었으리라 추정된다.
DIGIT는 다양한 GenePrediction 프로그램들을 조합하여 사용하는데, 서열유사도를 쓰지 않음으로써, 극도로 드믄 예측정도도 잠재적으로 예측해 낼 수 있다.