Base calling 프로그램. Sequencing 머신이 만들어낸 이미지파일(ABI, SCF, ESD등)을 읽어서 FastaFormat으로 변환하는 프로그램이다. 그래프이미지내의 Chromatogram의 곡선을 보고 적당한 Base를 지정함과 동시에 score까지 만들어서 파일로 만든다. FourierTransform [Algorithm]이 사용되었다.

http://www.phrap.org

작동가능한 시퀀싱머신

  • ABI 373,377,3700
  • Molecular Dynamics MegaBACE
  • LI-COR 4000

Phred가 만들어내는 score를 QV (Quality Value)라고 한다.

\math{
QV $=-10 \log{P_e}
}

QV가 40정도는 되어야 시퀀싱 정확도가 99.99%가 된다.

간단히 다음처럼 사용할 수 있다. 추가적인 사용법은 LargeScaleSequencing페이지 참고.

$ phred -id chromat_dir -sa seqs_fasta -qa seqs_fasta.qual

최근 [SNP] detection을 위한 PolyPhred가 소개되었다.

SeeAlso PhredScoreParsing

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