Base calling 프로그램. Sequencing 머신이 만들어낸 이미지파일(ABI, SCF, ESD등)을 읽어서 FastaFormat으로 변환하는 프로그램이다. 그래프이미지내의 Chromatogram의 곡선을 보고 적당한 Base를 지정함과 동시에 score까지 만들어서 파일로 만든다. FourierTransform [Algorithm]이 사용되었다.

base calling : 크로마토그램의 피크를 분석하여 염기서열을 할당하는 것

http://www.phrap.org

작동가능한 시퀀싱머신

• ABI 373,377,3700
• Molecular Dynamics MegaBACE
• LI-COR 4000

Phred가 만들어내는 score를 QV (Quality Value)라고 한다.

Quality value : QV , base call error probability : Pe

QV가 40정도는 되어야 시퀀싱 정확도가 99.99%가 된다. (QV 30 : 99.9% , QV 20 : 99%)

간단히 다음처럼 사용할 수 있다. 추가적인 사용법은 LargeScaleSequencing페이지 참고.

$ phred -id chromat_dir -sa seqs_fasta -qa seqs_fasta.qual

phred 프로그램의 옵션중에 QV가 낮은 영역을 trim하는 것이 있다. assembly할 목적이라면, 이 옵션은 켜지 않는것이 좋다.

최근 SNP detection을 위한 PolyPhred가 소개되었다.

phred/phrap/consed 슬라이드

SeeAlso PhredScoreParsing

질문있어요~~~