BioHackersNetBiologicalDatabase about pig QTL
http://www.animalgenome.org/QTLdb/
Pig QTL에 대한 지난 10년간의 모든 자료를 모아놓았다. 현재(2005-06) 76개의 publication으로 부터 821개의 QTL이 만들어졌다. 이들은 225개의 서로다른 Trait들로 표현된다. 각각의 마커들은 NCBI UniSTS와 연동되어 있다.
사용자는 다음의 방법으로 엑세스할 수 있다.
Search : Chromosome별, Trait별, publish key-word 별 검색기능
Browse : Chromosome번호별, Trait Ontology tree 별 탐색기능
Trait 는 크게 다섯가지로 분류된다.
- Meat quality
- Health
- Exterior
- Production
- Reproduction
예를 들어, TNUM 이라는 trait는 Reproduction(Trait class) - Reproductive organ(Trait types) - Number of nipples [TNUM] (Trait name [abbreviation] 로 계층적 Ontology로 구성되어 있다.
Top 10 Traits in thems of number of QTLs reported
Number of QTL |
Traits |
44 |
Backfat (Average) Thickness |
24 |
Loin Eye Area |
23 |
Color L |
17 |
Body Weight At Birth |
17 |
Backfat Thickness At Last Rib |
16 |
PH 24 Hours Post Mortem (Loin) |
16 |
Intramuscular Fat Percentage |
15 |
Carcass Length |
14 |
Number Of Nipples |
11 |
Backfat At Last Lumbar |
11 |
Ovulation Rate |
각각의 QTL들은 다음의 정보를 포함한다.
- QTL description : symbol, trait, chromosome, center location, QTL span, Flanking markers, Test statistics, Dominance effect, Additive effect, Candidate gene, NCBI gene link
- QTL experiment in brief : animal, design, analysis, software
- Reference