최근의 생물정보학방법들에 의해서 많은 데이터들이 전세계 인터넷을 통해서 제공되고 있다. 그러나, 이들 데이터들은 모두, 개개의 성격에 맞도록 특성화되어 있다.

GenBank의 서열정보를 가지고, 바로 병세정보 및 ProteinStructure정보들을 바로 얻어낼 수 없는 상황이다. 생명현상은 이들 개개의 모든 정보들의 종합임을 되새겨보면, 이들 데이터들을 효과적으로 서로 통합시키고, 연결시키는 과정이 얼마자 중요한가를 알 수 있을 것이다. 따라서 이 분야, BioDatabaseIntegration 역시 생물정보학의 큰 도전으로 여겨지고 있다.

Important BiologicalDatabase for Bioinformatics

• Genome

  • Ensembl, AceDb

  • GDB, NcbiGenome, Ensembl, FlyBase, MGD, SGD, MITOMAP

  • GOLD

  • RepetitiveSequence : RepBase

  • TranscriptionFactor : TransFac

  • PEDANT

• NucleicAcid

  • 기본정보 : Entrez, GenBank, EMBL, DDBJ, NcbiGenome

  • EST : dbEST, UniGene, TigrGeneIndices, StackDb, H-InvDB

  • Gene : GeneCards

  • Promoter : EPD

  • STS : dbSTS, RHdb

  • Vector : UniVec

  • Polymorphic region : dbSNP

  • Somatic mutation in Cancer: COSMIC

  • GSEA: MSigDB

• Variation

  • KMD

• Protein

  • 기본정보 : SwissProt, InterPro, GenPept, TrEmbl, TrEst, TrGen, PIR, UniProt

  • ProteinFamily : PROSITE, Blocks, Pfam, ProDom, PRINTS, COG, CDD

  • ProteinStructure : PDB, SCOP, CATH, FSSP

  • ProteinProteinInteraction : DIP, MIPS, PathCalling, ProNet

• BiologicalPathway

  • KEGG

  • EcoCyc

  • MolecularInteraction : BIND

  • BioCarta

  • STKE

• GeneticDisease

  • OMIM

  • HemoPDB

• Biochemical

  • REBASE, LIGAND, BRENDA

  • DrugBank: 약에 관한 모든 정보

  • METLIN: 각종 생체활성분자들의 질량분석 정보

• 실험정보

  • TwoDiPage : Swiss2dPage

  • MicroArray : ArrayExpress, StanfordMicroArrayDatabase, GEO

  • QTL : PigQtlDb

• 문헌정보

  • GO : QuickGo, AmiGo

  • Papers : PubMed, Scopus, WebOfScience

  • diseases : OMIM

• 통합정보

  • bioDBnet

  • CTD

Useful Information about Biological Database

• MolecularBiologyDatabaseCollection

• Databases : In BioinformaticsInformation

• 생물DB를 이용하는 가상실험

Scripts for acessing Biological Database

• PsiBlastQuery.rb - psi-blast를 biopython을 이용하지 않고 IE Automation을 이용한 무식한 방법 (Ruby이용)

Tools for bioinformatics

• The Scorecons Server : MSA sequence 정보를 이용해서 각 AminoAcid의 conservation score를 구해준다.

이곳 BioinfoWiki에서는 InterWikiForBioinfo를 통해서, 각각 유용한 Database에 바로 접근할 수 있다.

SeeAlso BioMart

SubsetsOfBioinformatics CategoryDatabase