TIGR에서 운영하는 EstClustering BiologicalDatabase

http://www.tigr.org/tdb/tgi/

TigrGeneIndices uses assembly [Algorithm]s, rather than Clustering, to produce tentative consensus(TC) sequences that represent the underlying mRNA transcripts.

It's buliding method tightly groups highly related sequences and discard under-represented, divergent, or noisy sequences.

특징

• 관련된 Gene들을 분리시켜서 EstClustering한다.

• RnaSplicing variants들을 다른 cluster로 분리한다.

• low level of contamination

TC 서열들은 GenomeAnnotation, PhysicalMap, Identification of Ortholog/Paralog Genes 에 활용된다.

이곳의 Gene building방법은

1. MegaBlast

2. CAP3

3. ParacelTranscriptAssembler

4. DnaProteinSearchProgram

에 의하며, ORF annotation에는 다음이 쓰였다.

1. EstScan

2. DianaEst

3. FrameFinder

[Genome] mapping에는 다음이 쓰였다.

1. Blest

2. Scout

3. Gap2

ExpressionProfile 분석은 R이 쓰였으며, unique oligomer들은 OligoPicker로 만들어졌다.

관련스크립트

• TcGo.py : TC서열들의 GO annotation Parsing

CategoryDatabase