Genome서열정보 주석달기.

어떤방법들을 통하여 Genome정보를 해석할 수 있을까.

보통은, GenePrediction --> BLAST, HMMER의 방법을 기대할 수 있다. 유전체내 유전자의 구조를 밝히는 것을 GeneModeling 이라고 한다.

관련정보

• PEDANT

종에 따른 해석방법

Prokaryotic

TIGR에 보면 미생물 GenomeAnnotation에 관한 체계적인 프로세스가 나와있다.

Euckaryotic

논문

• A beginner's guide to eukaryotic genome annotation (Nature reviews, May 2012)

관련프로그램

• Pipeline: MAKER, PASA, EVM

관련방법들

• GenePrediction using GenScan, Orpheus, Augustus, SNAP, TwinScan, FGENESH

• tRNA, rRNA confirmation using tRNAscan-SE

• Repeat sequence confirmation using RepeatMasker

• Gene structure determination with EST, Protein, RNA-seq matching

• PromoterPrediction

• regulatory region (TranscriptionFactor) confirmation using TESS

• CpG_island 탐색 using CpgPlot

• MembraneProtein 탐색

• ProteinStructure가 알려진 단백질에 대한 주석