Genome에서 Gene의 위치 및 자세한 구조를 결정하는 과정 GenomeAnnotation의 과정. AlternativeSplicing 에 의해 총 몇개의 splice variant들이 생성되는가 까지 포함한다.

보통은 다음의 방법들이 조합된다.

1. AbInitio GenePrediction running

2. BLAST result with 알려진 Gene, EST, Protein

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