단백질의 구조. One of the BiomoleculeStructureAnalysis

Protein의 4가지 structure는 '분류'라기보다는 일련의 전개과정이라 생각할 수 있다.

• primary structure(amino acid sequence) 에서
• secondary structure(α helix, β-sheet and β-turn)가 생기고, 이런 기본적인 motif들이
• tertiary structure를 형성하게 됩니다.

• quatary structure는 tertiray structure(subunit) 2개 이상이 결합(by NonCovalentBond)하여 생기는 protein을 말한다.

AminoAcid간에 크게 두가지 각도가 존재한다. 이 두 각도를 통해 RamachandranPlot을 그려보면 2차구조의 패턴을 알 수 있다.

하나의 폴리펩타이드 사슬중에서도 뭉치를 이루는 특정영역을 Domain이라고 한다. 서열이 많이 다른데 구조가 비슷한 것을 RemoteHomology하다고 한다.

ProteinStructure 관련 Database

• PDB

• SCOP

• CATH

• FSSP

관련 프로그램

• PyMol

• SYBYL

• DOCK

관련자료

• StructurePredictionMetaServer

• http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS95/course/3_geometry/index.html in ThePrincipleOfProteinStructure

구조비교도구

• NCBI VAST
• DALI
• CE
• TM-align
• Multiplot

CASP이라는 ProteinStructure Prediction 경진대회가 있다. 이것은 실제 풀기 어려운문제이다. SeeAlso LevintalParadox

구조가 알려진 단백질에서, AminoAcid하나를 변경했을때 구조가 많이 바뀌는가, 안바뀌는가 알수있는 프로그램 내지는 Algorithm이 있던가요? AnswerMe... --yong27, 2004-08-30

• 요 윗 질문의 해결방법이 있다면, 그것을 이용해서, 전체 서열의 구조를 예측하는 것이 가능할 것이다. A라는 구조가 알려진 단백질에서 시작해서, 아미노산 하나씩 하나씩 바꿔나가면 되지 않을까. 연구관련 NewIdea --yong27, 2004-11-06

Related Links Carlson Lab