BioHackersNet[NCBI] Reference Sequence
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/
Comprehensive, integrated, non-redundant set of sequences, including genomic DNA, transcript (RNA), and protein products, for major research organisms.
GenBank정보중. 종별 [Gene]의 기준이 되는 서열. [Genome]서열부터해서, 어떻게 [Transcription]되고, 어떻게 RnaSplicing되고, 어떤 [Protein]들이 발현되는지 정보를 포함한다.
[Entrez]를 통해 검색가능하다.
최근의 release 3은 2218종, 844,000개의 [Protein]이 수록되어있다. LocusLink와 함께 non-redundant 하게 [Gene]정보를 획득하는 방법이다. See RefSeqAndLocusLink
참고문헌 : [http://bric.postech.ac.kr/info/review/82.htm]
RefSeq accession
RefSeq 아이디는 이런뜻입니다. Accessions 타입분류 (예RefSeq:NC_000001 )
accession format |
type |
method |
category |
NC_ |
genomic |
curated |
genomic molecules, available NcbiGenome (하나의 완성된 [Genome], 예를 들어, mitochondrion, viral and bacterial genomes, chromosomes) |
NT_ |
genomic |
assembled contigs |
|
NM_ |
mRNA |
computed, curated |
predicted, provisional, reviewed |
NG_ |
genomic |
curated |
[Gene] region |
NP_ |
protein |
computed, curated |
full-length proteins associated with curated nucleotide sequences |
XM_ |
mRNA |
[Gene] prediction |
|
XP_ |
Protein |
[Gene] prediction |
Status key
comment block에 보면 status key가 있습니다. 각 status별 설명
status |
definition |
genome annotation |
NcbiGenome annotation 되어진 서열. NM,NR,NP들의 종합판 |
inferred |
genome 서열 분석으로 추론된 서열. 전체 서열에 대한 실험적지지가 없슴 |
model |
genome 서열 분석으로 예측된 서열. AbInitio 예측에 의함 |
predicted |
예측된 서열. [RNA] and [Protein] is AbInitio predicted. transcript에 대한 지지는 c[DNA] clone, [EST], homology의 존재를 포함한다. |
provisional |
. |
reviewed |
. |
validated |
. |
[WGS] |
. |
InterWikiForBioinfo 사용가능