어떤 긴 NucleicAcid서열이 있을때, 그 전체 서열을 알지 못하더라도, RestrictionEnzyme을 통해서 해당 제한효소site가 있는 부위를 표현할 수 있다. 보통 2개의 RestrictionEnzyme을 사용하여, 그 순서를 알아낸다.

이 방법은 각종 LargeScaleSequencing방법에 있어서의 보조도구로, 중간중간 표지판역할을 수행한다.