SNP를 타이핑하기 위한 칩. SNP_array 보통 백만개 정도의 SNP을 한번의 실험으로 알 수 있음.

이 실험결과를 관리하는 정보관리기술

• SNPFile

• SNPpy

• Shellfish

• Using R

SNP array 데이터베이스를 만드는데 중간에 막힘. 대안은?

1. HDF5를 쓰면 충분할 것이라고 생각했는데, 저장상태(append) 검색기능을 쓰기 위해서는 HDF5가 777k 만큼의 컬럼수를 허용하지 않는다. 그 기능을 안쓰면 저장하는데 넘 오래 걸림. 'AA'를 0으로 바꾸는 작업도 매우 오래 걸림.

2. RDBMS도 고려해봤으나, 컬럼수가 최대 만개가 넘지 아니함.

관련정보

• database backed program for management of SNP data?

-- yong27 2013-10-25 10:14:28

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