치환행렬, 혹은 점수행렬. ScoreMatrix로도 불리운다.

어떤 AminoAcid가 다른 AminoAcid로 치환되었을때, 전체적인 단백질에 영향을 미치는 매우 통계적이고 확률적인 정도라고 의미를 둘 수 있으며, SequenceAlignment, PairwiseAlignment 수행시, AminoAcid의 비슷한 정도라고도 표현 할 수 있다.

NucleicAcid SubstitutionMatrix

Score matrix (set by value of penalty: -2)
    A   C   G   T   N   X
A   1  -2  -2  -2   0  -3
C  -2   1  -2  -2   0  -3
G  -2  -2   1  -2   0  -3
T  -2  -2  -2   1   0  -3
N   0   0   0   0   0   0
X  -3  -3  -3  -3   0  -3

AminoAcid SubstitutionMatrix

• BLOSUM

• PAM

Programming with SubstitutionMatrix

BioPython

• BioPythonTutorial/CookBook/SubstitutionMatrix

• BiopythonCodeSubsmat