NorthernBlot이 유전자발현의 지표로서 RNA를 검출하는데 반해 WesternBlot은 발현된 단백질을 특이적인 항체를 이용하여 검출하는 실험법이다.

실험과정은,

1. 조사하려고 하는 조직이나 세포를 lysis시켜 얻은 시료를 SDS-polyacylamide 젤 전기영동을 통하여 분획힌다.
2. 젤 상에 전개된 단백질을 electrotransfer방법에 의해 membrane필터로 옮긴다.
3. BSA등을 이용하여 비특이적인 반응을 차단하고 target단백질에 특이성을 갖는 1차 항체를 처리한다.
4. 1차 항체에 특이성을 가지면서 발색효소를 갖는 2차 항체를 처리한 다음
5. 2차 항체에 결합된 효소의 기질로서 발색물질을 가하여 반응시키면 1차 항체에 특이성을 갖는 단백질 band를 볼 수 있다.

WesternBlot은 gene ExpressionProfile의 최종산물을 단백질 수준에서 측정할 수 있는 방법으로써 감도가 우수할 뿐만 아니라 항원-항체 반응을 이용하므로 특이성이 좋기 때문에 유전자 발현의 척도로써 널리 쓰이고 있다. 시료처리능력은 NorthernBlot과 비슷해서 HighThroughPut연구에는 적합하지 않다.

이역시 reverse-WesternBlot이 ProteinChip이다.