2006-10-29

• 과학자로 성공하는 법: 경험에서 얻은 규칙들 -- Another Day's Blog

  • : J. D. Watson이 1993년 3월 2일 Cold Spring Harbor Laboratory에서 개최된 왓슨/크릭의 DNA 이중나선 발견 40 주년 기념 심포지엄에서의 강연 내용으로 Science에 실렸다. 참 좋은 내용인것 같고, 마음 속에 새겨두어야 할 것 같다.

2006-10-27

• killing brain tumors from within a trojan horse approach -- Biology News Net

{{| The nucleic acid-EFG molecule acts as a "guided missile," explained Prof. Levitzki, which, when injected into the blood stream, is avidly gobbled up by the multiple EGF receptors on the cancer cells, without harming normal cells. Once embedded in the tumor cells, it destroys them from within – a true "Trojan horse," said Prof. Levitzki. Normal cells, which possess 20 to100 less receptors for EGF, are spared, since the amount of double-stranded RNA gobbled up is insufficient to induce them to die. |}}

• : 대부분의 암세포들은 증식을 많이하고 증식에 필요한 호르몬의 자극을 극대화 시키기 위해 성장호르몬의 자극을 받기 위한 EGFR(EGF receptor)과 같은 receptor들을 자신들의 세포막 표면에 많이 올려놓게 된다. 본 내용에서는 EGFR과 결합하는 EFG에 double-stranded RNA를 연결시켜 혈액내로 보내게 되면 EGF는 EGFR과 붙게되고, 이로인해 DS-RNA가 암세포 안으로 들어가게 되면 세포안에서 RNA가 작동하여 암세포를 죽이게 되는 방법을 이용하여 뇌종양을 치료한다는 것이다.

2006-10-26

• Education for systems-level biologists -- Soap Life Blog

  • : SystemsBiology를 공부하는데 많은 도움이 될 것 같다.

2006-10-25

• [FemtoGram] - fg : Real-Time qRT-PCR에 대해서 알아보다 알게된 단위.

• honey bee genome holds clues to social behavior -- Biology News Net

{{| A computer algorithm written by the researchers scanned nearly 3,000 genes. Statistical techniques were then used to investigate whether particular transcription factors correlated with genes that were differentially expressed (turned on or off) between nurse bees and foragers. |}}

• : 대부분의 honey bee의 역할은 나이에 따라 변화되는데, 만약 벌통에 식량이 부족하게 되면 젊은 간호벌이 식량을 구하는 벌로 바뀌게 된다고 한다. 이 연구에서는 사회적인 요구에 의한 직업의 변경이 TranscriptionFactor에 의해 brain에 있는 gene이 trun on/off되어 이루어진다는 사실을 밝혀냈다.

2006-10-19

• mit designs portable lab on a chip -- Biology News Net

{{| Thorsen's group is working toward integrating the pumps into a portable blood analysis device, which soldiers could carry onto the battlefield. If exposure to chemical or biological weapons were suspected, the device could automatically and rapidly test a miniscule blood sample, rather than sending a large sample to a lab and waiting for the results. The chips are so small and cheap to make that they could be designed to be disposable, Bazant said, or they could be made implantable. |}}

• : 전쟁중에 특정한 생화학적 무기에 노출되었다고 의심될때, 간단히 lab-on-a-chip에 혈액을 넣기만 하면 결과가 바로 나오는 chip을 개발했다는 내용. 맨아래 나와있듯이 만약 이것이 실용화 된다면, 활용할 분야는 널려있다. 이제 실험실에서 tube를 다루는 것이 아니라 chip을 가지고 실험을 할지도 모른다.

2006-10-18

• boston university biomedical engineers win major grant for pursuit of the 1000 genome -- Biology News Net

{{| Meller is using novel methods to decode the sequence of bases on a DNA strand at the molecular level. Using beams of electrons, Meller punches tiny holes in thin silicon films, then pulls strands of DNA through these "nanopores" using an electric current. Each base is identified by a florescent marker attached to it, which allows the researchers to record the sequence of bases as the strand emerges from the nanopore. Meller has devised a system of lasers and highly sensitive detectors which greatly increase the process' resolution. He is the only researcher in the world using this method, which he names "Opti-Pore." |}}

• : 바로 밑에 DNA sequencing가격이 100만원(대략 $1,000정도)으로 내려가면 개인 Genome Sequencing이 가능할 것이라 했는데, 미국 NIH에서 개인 Sequencing가격을 1,000달러로 낮추기 위한 연구기금을 만들었는데, 보스턴대학의 biomedical engineer가 기금을 받게 되었다는 내용이다. 방법적인 것을 보면 전기적인 beam을 이용해서 silicon film에 미세한 구멍을 뚫고 전류를 이용해서 DNA strand를 통과하게 한후, DNA strand가 구멍을 통과할때 각 base에 붙어있는 현광으로 어떤 sequence(A,T,G,C)인지 확인하는 것이라한다.

2006-10-17

• 오늘 서울대 의대에 계시는 김주한교수님께서 연대에서 강의를 하셨다. 거기서 나온 몇가지 내용들
• 1 Giga byte sequencing을 하는데 드는 비용(현재 기준)이 1억원정도이다. 이 가격이 100만원정도로 내려가면 개인 Genome sequencing시대가 올것이라 한다.(CT나 MRI를 찍는 비용이 백만원이라고..)

• 기존의 분자생물학 연구방법을 Hypothesis driven method라고 하면, MicroArray는 Data driven method라고 말할 수 있다.

• MicroArray Experiment의 연구에 있어서 result data를 DataBase화 하는 것이 무엇보다도 중요하다.

• Operon이 없는 Mammalian의 경우 이와 비슷한 Chromatin modulation이 있다.
• 지금까지 공개된 Pathway는 470개 정도이다.

• 공개된 MicroArray data는 RNA degradation plot과 같은 graph로 실험의 결과에 대한 판단을 해 볼 수 있다.

• dna computing targets west nile virus other deadly diseases -- Biology News Net

{{| "These DNA computers won't compete with silicon computing in terms of speed, but their advantage is that they can be used in fluids, such as a sample of blood or in the body, and make decisions at the level of a single cell," says the researcher, whose work is funded by the National Science Foundation. Her main collaborators in this study were Milan Stojanovic, of Columbia University, and Darko Stefanovic, of the University of New Mexico. |}}

• : 흥미로운 내용이나 자세한 내용에 관한 지식부족으로 코멘트는 삼가.

2006-10-16

• new research to cut animal testing -- Biology News Net

  • : 새로운 신약을 개발할때 그 약이 치료효과가 탁월하더라도 정상인에게서 안전성이 입증되어야만 허가를 받을 수 있다. 그러나, 인간에게 실험을 할 수 없기 때문에 임상시험에 들어가기 전에 동물실험을 통해서 간접적으로 문제가 있는지 확인을 하는데, 이러한 복잡한 과정때문에 신약의 개발비나 기간이 늘어나게 된다. 본 내용에서는 인간의 간세포에서 독성 test를 수행하므로써, 동물실험에 들어가는 비용이나 시간을 절약할 수가 있다는 내용이다.

2006-10-14

• 서울시내 실시간 CCTV정보

2006-10-12

• 지난 달(꼭 한달이 되었다.)부터 학위논문에 관한 테마를 잡고 나서, 마지막으로 Candidate Data를 systemic한 관점에서 실험적으로 증명하고자 어떤 단백질의 리스트들을 가지고, 여러 informational database의 정보를 조사해서 서로 연관성(interaction)이 있는 것들을 연결한 protein network graph를 그려보기로 계획을 세웠다. 처음에 한 논문에서 Ingenuity Pathway Analysis(IPA)라는 Web Tool을 알게 되었고, 이것이 상용프로그램이라서 이용을 포기한 후 PIANA라는 program을 발견하여 이용하려 했으나, 시간의 부족과 이해의 부족 때문에 BiologicalNetworks라는 자바로 개발되었고, 웹상에서 그냥 다운받으면 DataBase를 설치할 필요도 없이 이용하기만 하면 되며 설명을 보니 내가 생각하는 기능을 모두 갖추고 있는 것으로 생각되어 이용하려 했으나, 자바 Web start의 오류에서 부터 간신히 설치하고 난 후에도 Tutorial에 나와 있는 설명으로는 내가 생각하는 일들을 할 수 없었고(내가 잘 모르고 있기 때문일 수도 있다.), 웹 site 어디에도 자세한 설명이 되어있지 않았다. 보통 tutorial은 원하는 일을 순차적으로 진행하는 과정을 설명한 것이라 생각되는데, 이해가 잘 되지않았다. 결국 오늘 드디어 이 프로그램을 사용하지 않기로 결정했다. Web상에서 다운받기만 하면되는 것이 좋을수도 있지만, 그 기능을 쓰기가 어렵고, 어떻게 작동되는지 이해되지 않는 것은 오히려 사용하기에 불편할 수도 있다는 생각이 들었다. 한마디로 이곳저곳 찔러만 보고 원하는 것은 이루지 못했당. T T

2006-10-11

• first major study of mammalian disorderly proteins -- Biology News Net

{{|Unlike the classic description of proteins described in science textbooks, IUPs are not completely locked into rigid, 3-D shapes that determine their function in the cell. Instead, IUPs have varying amounts of flexibility within their sometimes spaghetti-like structures that is critical for function. |}}

• : intrinsically unstructured proteins (IUPs)는 다른 단백질과는 달리 그 형태가 정해져 있지 않고, 구조가 자주 바뀌는 특징을 가지고 있는데, IUPs가 여러 Cell function에 관여한다는 사실이 밝혀지고 있으며, 이러한 중요성을 인식한 St. Jude Children's Research Hospital에서 Cell내에 존재하는 IUPs들을 조사해 본 결과 다른 단백질처럼 일관된 구조를 이루고 있는 것이 아니라 특정 molecule과의 상호작용에 따라 그 구조가 매우 flexible하게 변하기 때문에, 이들의 구조가 변화하는 것이 중요한게 아니라 어떤 형태에서 어떤 작용을 하는지가 더 중요하다는 사실을 알아냈다.

• powerful genome id method extended to humans -- Biology News Net

{{|The power of optical mapping lies in its ability to reveal the size and large-scale structure of a genome. The method uses fluorescence microscopy to image individual DNA molecules that have been divided into orderly fragments by so-called restriction enzymes. |}}

• : 보통 [Chromosome]의 염기서열을 확인하는 방법을 [DNA] [Sequencing]이라 하는데, 전체적인 염기서열을 모두 확인하는 것이 어렵기도 하며 [DNA] [Sequencing] 방법의 오류도 있어서 100% 완전한 염기서열을 해독하는 것은 힘들고 시간이 오래걸린다. 본 내용에서는 현광현미경을 이용해서 개개의 DNA molecule의 image를 분석하는 Optical mapping이란 방법을 개발하였는데, 이것을 통해서 빠르고 효과적으로 개개인의 chromosome DNA Sequecing을 할 수 있게 되었다고 한다.

2006-10-10

• [GParted]를 이용해서 리눅스의 /var size를 늘리느라 하루를 다 소비했다.

  [AnswerMe] : 물리적으로 분리되어있는 partition(ex. /dev/sda1와 /dev/sda2)을 한가지 directory로 설정해 줄 수 있나요?

2006-10-04

• Connotea -- Meida Lab's Blog

  • : 논문 reference를 저장하는 EndNote와 같은 Tool.

2006-10-02

• 오늘부터 음악(서버에 사운드카드가 없기때문에)과 인터넷뱅킹을 제외한 모든 일들을 리눅스체제(UbuntuLinux)에서 하기로 결정!!!(정말이야? 자신있어? 음.. 글쎄.)

• 이번주는 대략 노는 분위기 일듯...

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