yong27/2004-05 - BioHackersNet

(<-)

[../2004-04]

[../2004-06]

(->)

2004-05-03

PythonKoreaUserGroup에 올라온 질문보고 삽질중... 처음 나의 답변은 문제를 잘못읽었기때문. 정말이지, 문제를 제대로 읽는건 중요하다. 첫번째 문제는 main을 임포트하면 되는거였고, 문제가 되는 부분은 [Python] [CGI]모듈이 get, post두개를 동시에 받지 못한다는점. 테스트해보니, 정말 둘다 동시에 받지 못한다.

   1 #!/usr/local/bin/python
   2 import os, cgi
   3 
   4 print "Content-type: text/html"
   5 print
   6 
   7 form = cgi.FormStorage()
   8 try:
   9     print form['mode'].value
  10 except: print "don't receive mode..."
  11 try:
  12     print form['contents'].value
  13 except: print "don't receive contents..."
  14 print """<form action="./ft.py?mode=test" method=POST> 
  15 <input type=hidden name=contents value=test_contents> 
  16 <input type=submit> 
  17 </form> 
  18 """
  19 print "<br><br>REQUEST_METHOD : ",os.environ['QUERY_STRING']

위 코드를 웹브라우져로 실행하고 쿼리전송을 누르면, mode는 받지 못한다. 질문자 말대로, mode를 받으려면 QUERY_STRING을 이용해야한다. 오늘따라 의외로, 답변하는 분들이 제대로 문제파악을 못한다는 느낌이 드네...

오늘은 import 공부하는날인갑다. main으로 실행된 모듈을 임포트하는 경우, 두번실행된다. 내가 직접 테스트해봤다.참고

결국은 순환참조시 from a import b 식의 방법은 작동하지 않는다까지 결론이 났다. 이를 PythonRecursiveImport문제라고 하더군.

2004-05-10

정형외과(한방)과 치과에 동시에 다녀왔다. 몸이 아프면, 일도 잘 안된다. 막... 힘들다는 느낌만 가중됨... 집에 오는길엔 산장누나를 만났다. 내 직장과 같인 동네에서 호프집운영~ 약 12년간 지속되고 있는 이 인연이 참 대단하단 생각이 든다. 앞으로 종종 가게될듯. 내 인생에 어떤 방향으로 누나와의 관계가 이어질지, 자뭇 궁금하다.

[BRIC]뉴스기사중에 흥미있는 것이 눈에 띄였다. 바로, GenesAboutMentalCharacter. 더욱 재미있던것은 쿄시로2030에서 등장하는 폭력성관련 [Gene]이 실제로 존재([MAOA])했다는 사실. 유전자는 의외로 우리삶 가까이에 있는지도 모른다.

이 얘기는 공개블로그에 포스팅했다. 사실,,, 여기따가 써야하나, 거기따가 써야하나 무진장 고민된다. 어쨌건, 여긴... 좀더 개인적인 공간이고, 거긴 약간은 공식적인곳.

또한가지. E.coli에 대한 전체 [Genome]에 걸친 유전자조절 네트워크를 구축했다는 기사

2004-05-14

WorkShopRegistrationProgram

2004-05-20

[NCBI]에서 특정 서열을 검색하는 방법에 관한 질문을 받았다.

{{| 제가 엔씨비아이 홈페이지에서 Oligosaccharyltransferase의 subunit의 디엔에이 씨퀀스에 대해서 검색하고 싶은데요. 옵션을 뉴클레오티드로 놓고 해놨더니 Origin이라고 해서 서열이 나오기는 하는데 그거 디엔에이가 아니라 씨디엔에이 서열같더라고요. 그래서 옵션을 개놈으로 했는데 그랬더니 서열을 어떻게 보는지 잘 모르겠구요. 혹시 어떻게 하면 제대로 된 디엔에이 서열을 알 수 있는지 알려주시면 감사하겠습니다. |}}

이에 대한 나의 답변.

{{| [NCBI]에서 특정 유전자, 단백질 서열들을 검색하고 싶을때는 [Entrez]를 이용하세요. NCBI에 있는 서열들은 워낙에, 다양하고 잡다해서, 좀 제대로 정리된것들을 봐야할 필요가 있습니다. 위의 Entrez를 통해서 검색했을 때, Gene이라고 표시되는 항목들이 좀 제대로 정리된것이라고 할 수 있죠. 이걸 [RefSeq]

RefSeq서열들은 그 종류에 따라 아이디에 머릿말이 따로 표시됩니다.

NC_ 는 이미 완료된 genomic서열을 뜻하는것으로, 염색체등의 하나의 완료된 긴 서열을 의미하고요...
NT_ 는 아직 하나로 잇지못한 긴 서열.
NM_ 은 mRNA 즉, cDNA서열을 의미합니다.
NP_ 는 그걸 translation한 단백질서열입니다.

Oligosaccharyltransferase를 키워드로 Entrez검색했을때의 Gene 항목을 보면 여러개의 해당 단백질들이 보입니다. NCBI는 종별로, 단백질 정보를 따로 관리하기때문에 어떤 종이느냐를 보고 찾으셔야겠지요.

효모라고 하면, 2번째줄의 OST2가 되겠군요.

보이는 화면이 전형적인 RefSeq의 그래픽화면이고요, NC_001147 (효모 XV염색체의 full sequence)의 516449~526841 부분이 해당 Gene의 DNA 서열임을 알 수 있습니다.

전화면의 밑에 보면, 그 서열의 단백질 서열인 NP_014746 도 보이는군요. 여긴 안보이지만, cDNA서열은 NM_으로 시작하니 참고하시고요. GenBank포맷의 자료에서도 Locus레코드의 세번째 항목이 해당서열이 DNA인지 mRNA인지를 표시하고 있으니, 참고하세요. |}}

보다보니, 궁금증. 왜, 저 [Gene]에 대한 mRNA정보는 RefSeq에 없는걸까? 설마 연구를 안했을리는 없을텐데.

눈에띄는 [BRIC]기사 두가지

담배는 백해무익하다 말들하지만, 술은 꼭 그렇지만은 않은듯. 적당한 음주는 심혈관 질환을 예방하고, 더 나아가 성호르몬과도 관련이 있다고 하니, 아예 끊는것보다는 약간씩 마셔두는게 좋을 듯 싶다.

돼지지놈분석서열이 바로 내 앞에 있다. 휴먼과, 비슷한 다른 종들의 유전체 정보와 비교하며 유의한 부분 계속 검토중.

2004-05-21

EpyDoc문서화방법이 계속 맘에 들길래, 혹시나하고, PythonKoreaUserGroup의 모듈소개란에 올렸다. 어쩌면 다덜 알고있던 내용을 뒷북치는건 아닐지 걱정도 되지만, 그래가지고선 암것도 할 수 없겠지. 난 좀더 엑티브한게 필요해 라는 맘으로 소개란의 제출버튼 클릭~

(<-)

[../2004-04]

[../2004-06]

(->)

CategoryWebLogYong