Diff for "EST" - BioHackersNet

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MolecularBiology실험기법중 하나. full genome sequencing과 함께 LargeScaleSequencing의 한가지이기도 하다.

세포 또는 유기체의 Gene ExpressionProfile는 생물학적 특성을 규정하는 기본적이고 중요한 요소이므로, 발현되는 유전자에 관한 정보는 일차적인 관심사이다. Prokaryotic [Cell]의 경우 Genome의 대부분이 Protein이나 기능성 [RNA]를 암호화하는 기능적 염기서열들로 구성되어 있으므로 게놈의 염기서열만 있으면 유전자 암호화 부위를 유추할 수 있다.

반면, Eukaryotic [Cell]의 경우, RnaSplicing에 의해 exon사이에 intron이 삽입되어 있으므로 게놈 염기서열로 부터 유전자의 기능적 부위를 확인하기 위해서는 다른 접근법이 요구되며, 그 대안들 중 하나가 EST이다.

[EST]는 특정 조직으로부터 유래한 전체 c[DNA]로 부터 sequencing을 통해 m[RNA] coding sequence를 규명하고 이를 [Database]화 한 것이다. 조만간 HumanGenomeProject가 완결되면, [EST]정보가 expressed [Genome] region과 non-expressed region을 구분하는데 이용될 수 있을 것이다.

[EST]는 exon부분을 대변하는 것이므로 ExonTrapping 처럼 유전자 기능분석에 필요한 핵심적 DNA 염기서열을 제공하는 과정에 해당된다. [EST]는 대개 c[DNA] library를 무작위적으로 screening하거나 또는 c[DNA] library를 기능적으로 분류하여 추출한 clone들을 선별적으로 확인하여 얻어지는데, 후자의 경우 특정한 세포기능과 관련하여 발현변화가 일어나는 [EST]들을 염기서열 분석으로 확인하였을 때 그중에 포함된 이미 알려진 유전자들의 공통적인 기능적 특성을 바탕으로 하여 이들과 같은 부류로 분류된 신규 [Gene]들의 기능을 유추할 수 있다는 장점이 있다.

[EST]는 DnaMicroArray에 심을 유전자원으로써도 중요한 의미를 가지며, LargeScaleSequencing 기능분석에 필수적인 요소라 할 수 있다. 동일 cDNA에서 유래한 [EST]들을 하나로 묶는 과정을 EstClustering이라고 한다.

특징

ESTs represent partial sequences of c[DNA] clones (~300bp)
ESTs often associated with tissues.

ESTs are difficult to use effectively

partial [Gene] sequences
high error rate (~1/100) because of the sequence single-pass
not a defined protein product
high redundancy in the data

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-세포 또는 유기체의 Gene ExpressionProfile는 생물학적 특성을 규정하는 기본적이고 중요한 요소이므로, 발현되는 유전자에 관한 정보는 일차적인 관심사이다. Prokaryotic [Cell]의 경우 ["Genome"]의 대부분이 ["Protein"]이나 기능성 [RNA]를 암호화하는 기능적 염기서열들로 구성되어 있으므로 게놈의 염기서열만 있으면 유전자 암호화 부위를 유추할 수 있다.
+세포 또는 유기체의 Gene ExpressionProfile는 생물학적 특성을 규정하는 기본적이고 중요한 요소이므로, 발현되는 유전자에 관한 정보는 일차적인 관심사이다. Prokaryotic [Cell]의 경우 [[Genome]]의 대부분이 [[Protein]]이나 기능성 [RNA]를 암호화하는 기능적 염기서열들로 구성되어 있으므로 게놈의 염기서열만 있으면 유전자 암호화 부위를 유추할 수 있다.