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* GenePrediction using GenScan, [Orpheus] * [BLAST]n in [dbEST] for coding region and RnaSplicing confirmation * t[RNA], r[RNA] confirmation using [tRNAscan-SE] |
* GenePrediction using GenScan, [[Orpheus]] * [[BLAST]]n in [[dbEST]] for coding region and RnaSplicing confirmation * t[[RNA]], r[[RNA]] confirmation using [[tRNAscan-SE]] |
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* regulatory region (TranscriptionFactor) confirmation using [TESS] | * regulatory region (TranscriptionFactor) confirmation using [[TESS]] |
Genome서열정보 주석달기.
어떤방법들을 통하여 Genome정보를 해석할 수 있을까.
보통은, GenePrediction --> BLAST, HMMER
관련정보
종에 따른 해석방법
Prokaryotic
TIGR에 보면 미생물 GenomeAnnotation에 관한 체계적인 프로세스가 나와있다.
Euckaryotic
GenePrediction using GenScan, Orpheus
BLASTn in dbEST for coding region and RnaSplicing confirmation
tRNA, rRNA confirmation using tRNAscan-SE
Repeat sequence confirmation using RepeatMasker
regulatory region (TranscriptionFactor) confirmation using TESS
ProteinStructure가 알려진 단백질에 대한 주석