PairwiseAlignment에서 두개의 서열의 시작과 끝부분을 한번에 정렬하는것. 이후, LocalAlignment의 방법이 소개되면서 많이 사용하지 않음.

Needleman & Wunsch에 의해 1970년 소개됨. Main idea는 optimal alignment를 만들기 위해, 이전단계의 하나작은 서열의 솔루션을 사용한다는것. NeedlemanWunschAlgorithm. 이후 더욱 효율적인 알고리즘 GotohAlgorithm.

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