BioHackersNetPairwiseAlignment에서 부분적으로 높은 점수를 지니는 부위를 정렬하는것. GlobalAlignment의 문제점을 극복
서열정렬시 보다 일반적인 상황은 일정 영역의 유사한 부분을 정렬하는것. 왜냐하면, Protein서열의 경우, 특정 일정 domain을 공유하기 때문이며, genomic DNA서열을 비교해야할 경우에도 해당된다. 서열 두개사이에서 최고의 점수를 갖는 subsequence alignment를 하는것을 LocalAlignment라고 한다.