일반적으로 Eukaryotic DNA에서는 두개의 대립형질이 쌍을 이루며 존재한다. 이 쌍을 이루는 각각의 Allele상에서 1차원적으로 배열하고 있는 특정한 Type을 Haplotype이라고 한다.

동종의 생명체가 공유하는 태고의 조상으로부터 그 다음 세대로 유전 정보가 교환될 때 블록 단위로 다량의 서열이 파괴되지 않고 그대로 전해져 내려오리라고 생각되며, 이때 그 블록의 DNA서열을 말한다

이러한 Haplotype에는 그 소재에 따라 여러의미로 사용될 수 있으며, 대표적인 것으로 SnpHaplotype이 있다.

Chromosome상에 Haplotype의 위치를 표시하는것을 HaplotypeMap이라고 한다.

Haplotype blocks are the more precise units to reflect genetic variation