[Genomics]연구중 대량서열결정작업. 다양한 방법이 사용된다. 직접 WholeGenomeShotGun및 CloneByCloneMethod방법으로 직접 [Genome]서열을 결정할 수 도 있으며, cDNA library의 서열결정작업을 통해 [EST]연구를 수행할 수도 있다.

다양한 형태의 서열들을 가지고 연구하게 된다.

• 대량서열 : [EST], [WGS], [GSS],
• 마커 : [STS] ([RFLP], [VNTR]), [SNP]

방법들

• CloneByCloneMethod

• WholeGenomeShotGun

• [EST]

• FullLengthcDna

• SequencingByHybridization

• [FPC]

사용되는 프로그램들

• base calling : [Phred]

• phd to FastaFormat : phd2fasta

• vector masking : CrossMatch, VecScreen

• RepetitiveSequence masking : RepeatMasker

• FragmentAssembly : [Phrap], [CAP3]

• [SNP] detection : PolyPhred

• Contig viewer : [Consed]

일반적인 프로그램 사용법

$ phred -id chromat_dir -pd phd_dir -dd poly_dir -log
$ phd2fasta -id phd_dir -os seqs_fasta -oq seqs_fasta.qual
$ cross_match seqs_fasta vector.seq -minmatch 12 -minscore 20 -screen > screen.out
$ phrap seqs_fasta.screen -new_ace > phrap.out

GeneticMap을 기초로 작업해서, PhysicalMap을 만들게 된다.

결과[Database]

• [GOLD]

관련기술들

• RestrictionMap

관련기업

• IntegratedGenomicsInc

관련서적

• DnaSequencingFromExperimentalMethodsToBioinformatics

Useful information

• [http://www.bioinformatics.pe.kr/link/sequencing.html Large Scale Sequencing] : In BioinformaticsInformation

• http://bioinfo.mbb.yale.edu/course/projects/final-4/

• [WellConvertor.py] : 384well 과 96well의 변환을 위한 스크립트

SubsetsOfBioinformatics