LargeScaleSequencing에서 활용되는 서열조립문제.

기본적으로 SmithWatermanAlgorithm이 사용된다. 겹쳐지는 부분을 중심으로 계속해서 조립한다. LargeScaleSequencing에서 조립되는 contig의 수는 1.7x이후로 감소하게 된다.(미생물의 경우)

Consed프로그램을 사용하여 mate들의 거리가 일정거리이내에 있는가를 확인하면, FragmentAssembly의 정확도를 검증할 수 있다.

관련 프로그램

• Phred

• Phrap

• Consed

• CAP3