Diff for "Phred" - BioHackersNet

Differences between revisions 2 and 22 (spanning 20 versions)

Base calling 프로그램. Sequencing 머신이 만들어낸 이미지파일(ABI, SCF, ESD등)을 읽어서 FastaFormat으로 변환하는 프로그램이다. 그래프이미지내의 Chromatogram의 곡선을 보고 적당한 Base를 지정함과 동시에 score까지 만들어서 파일로 만든다. FourierTransform [Algorithm]이 사용되었다.

base calling : 크로마토그램의 피크를 분석하여 염기서열을 할당하는 것

http://www.phrap.org

작동가능한 시퀀싱머신

ABI 373,377,3700
Molecular Dynamics MegaBACE
LI-COR 4000

Phred가 만들어내는 score를 QV (Quality Value)라고 한다.

$QV = -10 \log{P_e}$

Quality value : QV , base call error probability : Pe

QV가 40정도는 되어야 시퀀싱 정확도가 99.99%가 된다. (QV 30 : 99.9% , QV 20 : 99%)

간단히 다음처럼 사용할 수 있다. 추가적인 사용법은 LargeScaleSequencing페이지 참고.

$ phred -id chromat_dir -sa seqs_fasta -qa seqs_fasta.qual

phred 프로그램의 옵션중에 QV가 낮은 영역을 trim하는 것이 있다. assembly할 목적이라면, 이 옵션은 켜지 않는것이 좋다.

최근 SNP detection을 위한 PolyPhred가 소개되었다.

phred/phrap/consed 슬라이드

SeeAlso PhredScoreParsing

질문있어요~~~

-  ⇤ ← Revision 2 as of 2005-06-30 10:31:07 → 
  Size: 951
  Editor: 203
  Comment:
+   ← Revision 22 as of 2013-07-12 17:16:19 → ⇥
  Size: 1437
  Editor: 61
  Comment:
-Deletions are marked like this.
+Additions are marked like this.
 Line 2:
+base calling : 크로마토그램의 피크를 분석하여 염기서열을 할당하는 것
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+Line 15:
-\math{
QV $=-10 \log{P_e}
}
+$$ QV  = -10 \log{P_e} $$
 Line 18:
-QV가 40정도는 되어야 시퀀싱 정확도가 99.99%가 된다.
+Quality value : '''QV''' , base call error probability : '''Pe'''

QV가 40정도는 되어야 시퀀싱 정확도가 99.99%가 된다. (QV 30 : 99.9% , QV 20 : 99%)
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+Line 27:
-최근 [SNP] detection을 위한 PolyPhred가 소개되었다.
+phred 프로그램의 옵션중에 QV가 낮은 영역을 trim하는 것이 있다. assembly할 목적이라면, 이 옵션은 켜지 않는것이 좋다.

최근 [[SNP]] detection을 위한 PolyPhred가 소개되었다.

[[http://210.115.163.141/study/bioinformatics/PhredPhrep/index.htm|phred/phrap/consed 슬라이드]]
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+Line 34:
+----
질문있어요~~~