BioHackersNet몇몇 포유류의 Mitochondria DNA들을 MultipleAlignment해서, 종 특이 영역 priming할 수 있는 PrimerDesign을 하려고 한다.
종 |
영문 |
학명(속,종) |
RefSeq id |
닭 |
chicken |
Callus gallus |
|
소 |
cow |
Bos taurus |
|
돼지 |
pig |
Sus scrofa |
|
말 |
horse |
Equus caballus |
|
염소 |
goat |
Capra hircus |
|
양 |
sheep |
Ovis aries |
|
개 |
dog |
Canis familiaris |
|
사슴 |
deer |
Muntiacus muntjak |
서열획득스크립트
1 from Bio import GenBank, Fasta
2
3 gis={
4 'chicken' : 'NC_001323',
5 'cow' : 'NC_001567',
6 'pig' : 'NC_000845',
7 'horse' : 'NC_001640',
8 'goat' : 'NC_001640',
9 'sheep' : 'NC_001941',
10 'dog' : 'NC_002008',
11 'deer' : 'NC_004563',
12 }
13
14 fpser = GenBank.FeatureParser()
15 ncbi = GenBank.NCBIDictionary('nucleotide','genbank',parser=fpser)
16
17 def fullGenome(anOutFileName):
18 resultFile = open(anOutFileName,'w')
19 for species in gis:
20 genome = ncbi[gis[species]]
21 fasta = Fasta.Record()
22 fasta.title = ' '.join([species, genome.name, genome.description])
23 fasta.sequence = genome.seq.tostring()
24 resultFile.write(str(fasta)+'\n')
25
26 def rDNA16S(anOutFileName):
27 resultFile = open(anOutFileName,'w')
28 for species in gis:
29 genome = ncbi[gis[species]]
30 for feature in genome.features:
31 product= feature.qualifiers.get('product')
32 if product and product[0].find('16S')>=0:
33 fasta = Fasta.Record()
34 fasta.title = ' '.join([species, genome.name, product[0]])
35 start = feature.location.start.position
36 end = feature.location.end.position
37 fasta.sequence = genome.seq[start:end].tostring()
38 resultFile.write(str(fasta)+'\n')
39 continue
40
41 if __name__=='__main__':
42 #fullGenome('mtdna.fasta')
43 rDNA16S('mtdna_16s.fasta')
얻어진 서열을 ClustalW로 MultipleAlignment하면 MT DNA는 많은 부분 보존되어 있슴을 알 수 있다. 여기서 한가지 궁금증. Circular DNA의 경우, MultipleAlignment을 제대로 하려면, 금고다이얼처럼 맞춰야 할텐데, 그런 옵션이 없다. 구글검색해봐도, 언급이 없다. AnswerMe! 어쩌면 논문등의 NewIdea로 써먹을수도 있을듯.
Species specific PrimerDesign은 Amplicon을 이용해서 해결
전체 Genome을 이용할 경우, 서열이 너무 커서, 프로그램이 동작하지 않는다. 임시로 16S RNA영역만을 추출하여 가동. 그럴듯한 결과를 얻을 수 있으나, 다른 영역에서 priming될지도 모른다는 단점을 지닌다.