2004-03-01

영화 태극기휘날리며 보다.

이날의 감상

KimKoo가 그리던 아름다운 나라가 떠올랐다. 어쩌면, 이런 영화들을 통해 우리는 아름다워지고 있는지도 모른다.

이 국수(國手)의 [Baduk]을 보면... 느끼는것이 (물론, 고수들의 바둑들이 다 그러하겠지만) 손따라 두지 않는다.

이얘기가 무언고 하니, 한창 한쪽에 전투가 벌어질라면, 딴데두고,,, 또 상대가 급소를 노려도, 거기 안받고 딴곳둔다. 이를 손따라 두지 않는다고 얘기한다. 한쪽 전투가 급해도, 좀더 넓은 관점에서 보다 더 넓은 시야로 더욱 중요한 곳을 챙겨서 돌을 놓는다.

바둑두는사람이야 물론 이곳저곳 다 계산해서 가장 중요한 곳에 착수를 하는게 원칙이지만, 그건 쉽지 않다. 특히 한창 전투가 시작되고 있는 곳에 온통 정신이 그 지역에 팔려 있을 그 시기에, 딴곳을 두다니...

이 손떼기에 더욱 애타는건 상대다. 아니, 저기가 더 중요하단 말인가. 여길 치받으면(이 지역을 두번두면), 이부분 형세는 나에게 유리할테지만, 그렇다면 저곳은... 하면서 상대는 갈팡질팡하게 된다. 그러고는 결국,,, 상대가 이창호이니, 그곳을 안받을 수가 없다. 즉 손을 뗄 수가 없다. 그리하여 결국 바둑은 이창호의 기세대로 끌려가게 된다. 그래서 이창호가 국수(國手)다.

이는, 일상생활에도 일부 적용가능하다. 뭐 전체를 계산해서 가장중요한곳에 착수한다 따위의 기본적인것 말고. 그 예가 대화다. 너무 상대의 질문에만 얽매인 오로지 그 질문에만 답변하는 방식의 대화가 바로 손떼지 못하는 대화다. 어쩜 동문서답이 될 지 모르지만, 질문의 범위를 잠시 벗어난 다른방향에서의 답변을 구사하는것도 일종의 대화의 요령이란 생각이 든다.

[Genome](유전자사냥꾼) 읽는중. 읽다가 문득, GeneticDisease들을 체계적으로 정리해보고 싶다는 생각이 들었다. 일단 SickleCellDisease부터. 관련 [Gene]부터해서, [Protein], 병세까지 주욱 정리.

2004-03-02

이땅의 많은 사람들이 새로 시작하는 날이다. 초중고교생은 개학하고, 새로운 친구들 선생님을 만나고, 대학생들은 개강하고, 새로운 수업을 받고, 학부모는 애들 학교보내기 시작하고, 거리는 그간 드물던 등교때문에 출현한 차들로 더욱 붐비고...

나야 뭐, 이날이라고 별로 특이할것은 없지만, 새로시작한다는 기분으로, 매사를 새로이~~

200kbp짜리 [BAC]서열의 [BLAST]N 결과가 넘 큰 문제점을 해결하고자, 최소객체를 따로 만들었으나, 여전히 무겁다. 약 2Mbyte짜리 pickle된 파일을 load하는건데, 3분가량 걸린다. 이유를 잘 모르겠다. 아무래도, HSP갯수를 제한해야겠다. 중요한건 뭐랑 매치되었느냐니깐.

HSP갯수를 50개로 제한하니까 모든 문제가 풀렸다. 몇몇 매치들이 엄청나게 많은 HSP를 갖고 있었던것 같다.

• 아 HSP갯수도 제한할수 있군요.. 그럼 score순서대로 잘라주나요? 아니면 서열들에 distinct한 한개씩 보여주나요? 궁금~ --[indigoH]

  • 내가 사용한 방법은 단지 [Parsing]할때 HSP갯수를 제한한것임. 파싱후 만들어지는 객체에 각 매치당 HSP가 50개만 들어가도록 조정했지. 파싱순서대로 50개. 내가알기론 이순서가 score순서인듯싶던데...

    • ㅎㅎ 그렇군요. pickle을 쓰면 메모리를 많이 잡아먹어서 더 느리단 생각이 들더라구요... 그래서 그냥 파일에 썼다가 다시 읽는 형태로 하는게 낫겠더라구요..--[indigoH]

RepeatMasker를 돌려봤다. 상세한 결과파일들에 많이 놀랐다. RepetitiveSequence가 이렇게 많았다는 사실도 흥미로왔다. [Perl]로 되어있는 프로그램이고 내부적으로 CrossMatch를 돌리는건데, 중간에 어떤 과정들이 숨어있을까 매우 궁금하다. 코드를 보자니, 펄코드 진짜 눈에 안들어온다. [Python]으로도 고대로 만들수 있을텐데... 그건그렇고, PhillGreen의 프로그램들([Phrap]등) 꽤 오래되었는데, 아직도 이것들을 쓰는건가 궁금하다.

[바둑의발견]책을 덮으면서, 마지막얘기가 머릿속에 감돈다. 모든일에 공짜는 없고, 뭔가를 하면 뭔가를 못하게되는 기회비용이 늘 생기게 되며, 시간은 항상 부족하다. Time is too short.

이럴수록 내가 좀더 할수 있는 분야의 일을 해야하는게 아닐까. 내가 좀더 잘 할수 있는 분야를...

2004-03-04

프로그래밍 효율을 좀 높혀보고자, PythonNewFunction도 공부하고, PythonKoreaUserGroup둘러보는중.

[Perky]씨의 어느디렉토리에서 .seq 확장자파일들을 모두 읽어 라인단위로 처리하는 코드를 볼 수 있었다.

   1 import itertools, glob 
   2 for line in itertools.chain(*map(open, glob.glob('*.seq'))): 
   3      print "처리:", line 

참으로 [Perky]씨다운 코드로군.

재밌는 코드 하나.

   1 [METHOD 1] 
   2 s = 'abc....' # (500 바이트 정도의 스트링 데이타) 
   3 data = '' 
   4 for i in range(10000): 
   5     data += s 
   6 
   7 [METHOD 2] 
   8 s = 'abc....' # (500 바이트 정도의 스트링 데이타) 
   9 data = [] 
  10 for i in range(10000): 
  11     data.append(s) 
  12 res = ''.join(s) 

결과가 METHOD 1 = 84 초, METHOD 2 = 0.06 초 라는군. [Python]의 string은 immutable하기 때문에 +=할 때마다 새로 할당과 복사가 일어난다고 함.

PythonKoreaUserGroup의 파이썬마을에 등록해서 보니, 오호 phpBB에 괜찮은 기능들이 많다. 일단 댓글이 달리면 제일 위로 올라오는게 맘에 든다. 답글을 감시하는 기능도 있고... YongEiBoard는 보류중... 좀더 지켜보고 난 뒤에나 만들어야할듯싶다.

2004-03-05

ThreeColoredLearning용 볼펜과 IndexCards를 항상 가지고 다니기로 하다. [XP]를 접했을때부터, 이런 생활방식을 생각했었으나, 참 뒤늦은 시도인셈. 늘 항상 가지고 다니며, 삼색볼펜으로는 읽고있는 책에 마킹을 하고, 간혹간혹 머리속에 떠오르는 생각들은 IndexCards에 기록후, 컴퓨터 앞에서 다시 WikiWiki에 기록한다.

• IndexCards에 기입된 사항들은 가능한한 저녁무렵, 컴퓨터앞에서 이곳에 정리하려고 노력한다.

[Exman]씨도 재밌는 분. 괴짜분이라는 생각이 드네. 예전에 [Python]세미나때 뵈었던것도 같은데... [Python]가지고 별걸 다하는 사람중 하나~~

일일영작이란다. 매일 체크요망~ DailyEnglishWriting

2004-03-09

[Google]에서 http://bioinfo.sarang.net 를 링크하고 있는 페이지들을 찾아봤다. 그중에 재밌던것들

• [Nussinov.py] : BioPython 메일링리스트 : 학생이 만든거니까 쓰지 말라고 함.. ㅡ.ㅡ 저거 만들었을때 학생은 아니였는데... 하지만, 그때 실력을 생각하면, 이얘기 들어도 싸다... 게다가 저건... 만들고나서 문제도 있던것이였으니...

• http://snags.org/~reca : 또하나의 생물정보학관련 WikiWiki

• NumberTheory : IEL : 내용도 얼마없는 페이지인데, 으흐...

• [ChainOfResponsibilityTrouble.java] : 이 예제 파일도 참조되다.

• [SSAHA] : 버클리대 강의 교재에 이곳 링크가.. 으흐

이외에도 상당히 많은 링크들이 존재했다. 인터넷이라는곳이 참 재밌다는 생각이 든다. 검색엔진이 꾸준히 들락거리더니... 이곳 BioinfoSarangNet을 전혀 생각치도 못했던 세계 어느 한 구석에서도 볼 수 있다는 생각에 좀 더 신중하게 정보들을 만들어내지 않음 안되겠다 싶은 모종의 책임감이...

특히도, 내가 만든 몇몇코드들 ([Nussinov.py]등 불완전한것들)이 해당 키워드로 검색했을때, 단지 인터넷상에 먼저 올라왔다는 이유로 검색될때, 사용자는 마치 그 코드가 최선의 방법이라고 생각할 수도 있다고 생각하니, 아찔하다. 어쩌면 이곳 정보는 인터넷상의 공해일수도 있는것이다.

100년만의 폭설 뒤의 한반도 위성사진.. 으흐

2004-03-10

문득 든 HikaruNoGo의 한 장면. 인간은 서로 끊임없이 영향을 주고받는다.

이창호의 [Baduk]이 요즘 계속 지고있다. 최철한에게 국수를 빼앗기고, 기성전2국도 지고, 어제 LG배에서는 목진석에게 또 졌다. 그가 당대 최고수라는 사실은 변함이 없지만, 그는 어떻게 될것인가가 참 궁금하다.

최근 지고 있는 그의 바둑은 전투형. 삼중허리란 별명과 어울리지 않게, 젊은 기사들과의 바둑이 늘 전투다.... 그가 전투를 하는 이유가, 그냥 지키기만해서는 이기지 못하리라고 느끼기 때문인지, 기풍이 변화한건지, 감정이 격해지는건지 아직은 잘 모르겠지만... 아무튼, 그는 변화를 추구하고 있고, 그 변화는 새로운 모습의 더욱 강한 이창호를 만들것이라고 조심스럽게 기대해본다.

2004-03-13

헌정사상 유래가 없는 대통령탄핵이란다. 원래 이 단어는 삼권분립의 민주주의를 대표하는 국회의 대통령견재기능을 의미하는 것으로, 이 단어를 통해 민주주의의 성숙을 느껴야 할텐데... 전혀 그게 느껴지지 않으니 이상하다.

탄핵반대하는 사람들도 애국가를 부르며, 반대가 애국이라 믿고있고, 찬성하는 사람역시 애국가를 부르며, 이것이 구국이라고 믿고 있다. 국가를 위한다는 명제아래, 다들 너무 다른 모습으로 태극기를 두르고, 애국가를 부르니, 너무 아이러니다. 과연 저 태극기, 애국가는 알고있을까. 이 아이러니함을~

각종 인터넷게시판의 말,말,말들... 무슨 말 한마디에 너 노사모지? 보수파지? 이렇게 말나오는것들이, 마치,,, 너 빨갱이지? 라고 묻던 4,50년대 국론분열의 사태를 보는것 같이 심히 걱정스럽다. 동강난 국론.. 이라는 기사도 있던데, 4,50년대의 국론분열이 남한북한을 갈랐던것처럼, 지금 또 갈라지는것이 아닌가 우려된다.

[BRIC]기사중에 흥미있는 기사가 있다. 정액이 난소암예방에 효과가 있다는 연구결과가 있다나... ㅡ.ㅡ

이 연구결과가 사람들의 사고방식에 어떤 영향을 줄것인지는 둘째치고, 어떤 [Evolution]적 설명이 있을 수 있을까. 잘 번식할수 있는 방향으로의 진화적 요구는 상대성과의 성적관계형성에 대한 보다 더 많은 이득들이 존재해야하며, 암 발생저해 요인을 성적관계로부터 얻는다면, 일거양득이니 이러한 현상은 진화적으로 충분히 선택될 수 있을듯싶다.

해당 성분을 추출해서, 의약품으로도 만든다고 하니, 어쨌건 연구결과를 통해, 어려운 질병에 고생하는 사람들을 돕는다는 점에서 의미가 있다고도 할 수 있겠다.

2004-03-19

JeYong씨 홈에서 JeYong:육군훈련소 참 재밌게봤다. 지금이 2004년이니까 내가 거기있던지 꼭 10년이 되었다. 그당시 모습들이 좌아악 머릿속을 스친다. 이친구, 글 하나하나에서 더더욱 느낄수 있었던듯. 세상을 보는 또다른 시각, 관점... 제용씨 홈에서 TasteAndFeel하나 추가~

좀전에 디스커션하다 확인한사실. GenScan보다 [Fgenesh]가 더욱 정확하게 동작한다고하는군. 그러나... 원래가 GenScan도 실행파일 구하기가 좀 까다로운데, [Fgenesh]는 더하다고함. 정식으로 구입하던가 해야한다고도... 서서히, [Bioinformatics]식민화사태가 느껴지는듯 싶다. 지금까지야 대부분 공개프로그램에 공개[Database]였으니, 잘 못느껴왔었찌... 더이상, 이쪽에서 최적의해를 구하는 방법이 공짜로만 구해지지는 않을 듯 싶다.

실험장비를 보면, 각각 조건별 세팅옵션이 있다. 논문에 보면 그런 옵션을 어떻게 조절하라는게 나온다. 보통 실험할때, 가능한한 그 옵션을 맞춰서 실험한다. 5만rpm으로 원심분리한다고 하면, 가능한한 그대로 따라해야, 그 논문처럼 결과를 볼수있을까 말까다. [Phred],[Phrap]등의 프로그램들도 마찬가지다. 각 프로그램들은 적절한 옵션값들 설정하도록 되어있고, 보통은 default로 돌리기마련이다. 만일 논문이랑 조금 다른 새로운 종을 가지고 실험한다면... 최적옵션은 따로있을 수 있다. 원심분리를 6만이상으로 돌려야할지도 모른다. 각 옵션은 오로지 실험을 통한 검증으로 확인받을 수 있다. 그렇담... 프로그램도 마찬가지. 최적옵션을 고민하자...

갑작스런 감기로 고생하는중. 난 거의 다 났지만, 오늘 앞자리 여직원분(전산실 관리자)이 감기가 걸렸다. 아마도 옮은듯싶다. 좀전에 대화

• 나 : 아까 왜 세미나 중간에 나오셨어요?
• 여직원분 : 아... 바이러스때문에 제가 그자리에 있을수가 없었어요.
• 나 : 허걱... 미안해라... 이긍...
• 여직원분 : 연구소에 바이러스를 많이도 뿌리셨더군요.
• 나 : 헉.. 그래요? 쩝... 난 거의 다 났는데, 넘 미안해요.
• 여직원분 : 여기저기서 바이로봇 구해달라고 날리에요.
• 나 : ㅡ.ㅡ

2004-03-23

점심식사후, 산책다녀왔다. 여기가, 주변 경관은 참 좋다. 탁트인 시야에, 좋은공기... 게다가 산들바람에 따스한햇볕, 그리고... 알듯모를듯 설레임까지.

산수유(이름이 맞나? 암튼 개나리보다 먼저피는 노란꽃)이 한창이다. 이꽃이 개나리보다 먼저피는거라지아마. 문득 궁금한 생각이 드는것이 개나리랑 산수유랑 [Evolution]적으로 그렇게 멀리 떨어져있지 않을테고, [Genome]상 많은 부분들을 공유할텐데, 어떤것이 이 둘의 개화시기차이에 영향을 주는 것일까. 특정 [Protein]의 서열차이가, 그 단백질의 온도변화민감도를 다르게 할것으로 예상된다. 이후 개화메카니즘에 관여하는 유전자들이 좌아악 발현되는 것일텐데.... 어떻게 매년, 이리도 일정한 개화시기의 차이를 만들어냈을까.

우리집의 동백은 겨울에 피던데... 그 개화시기는 내생각엔 수분전달이라는 목적에 경쟁을 최소화하기위해 그 계절을 선택한듯 싶다. 그렇다면, 산수유랑 개나리도 역시 경쟁하는지도 모른다. 그 경쟁은 개화시기의 차이를 [Evolution]적으로 선택하게끔 했는지도.

벌들이 많다. 벌들은 영양분을 얻고, 산수유는 수분전달을 한다. 산수유입장에서는 일종의 에너지투입인데, 사실 식물은 그 자체가 화학공장이다보니, 그리 많은 투자는 아닐듯. 약간의 투자를 했더니, 종족번식이 수월해지더라. 그래서, 더더욱 이쁘게, 눈에 잘띠게 꽃이 피도록 화학공장을 가동한다.

SoftwareDevelopmentMagazine의 2003 연봉수준조사에서... ProgrammingLanguage별 평균연봉을 보면 [Python]이 BizTalk와 함께 공동 1등. 좋은현상이긴 하나 아무래도 좀 납득이 어려운면이있군. [Python]을 잘쓰는 사람들이 대부분 multi langual해서라는 견해도 있다. PythonKoreaUserGroup에서 참고.

{{| Delphi/Object Pascal $75K Visual Basic $76K Cobol $77K Oracle/SQL Server/Sybase/database $78K .NET $78K EDI $80K SAP/PeopleSoft/Oracle/ERP $80K C# $80K LotusNotes/groupware $81K Perl/Javascript/PHP/scripting $81K XML $81K Java $82K C++ $82K JavaBeans/ActiveX/component $82K Fortran $83K C $83K UML $84K Ada $84K J2EE $84K CORBA/COM/middleware $84K Python $86K Biztalk/Crossworlds/business integration $86K |}}

http://www.sdmagazine.com/documents/s=8939/sdm0311a/sdm0311a.html

2004-03-24

문제는 읽기속도다. HowToReadIt 에서 논의된적도 있지만, 특히도 나에게는 가장 약한 부분이라 하지 않을 수 없다.

요즘시대는 책이다, 인터넷이다, 여기저기 지식들이 널려있다. 혹자는 이런가운데서 자신만의 정보를 찾는(where)능력이 중요하다고 얘기하지만, 그건 그리 중요하지 않아보인다. [Google], WikiWiki, [Blog]등 이제는 찾는 것 역시 왠만큼 비슷하다. 즉 잘 찾는 능력은 더이상 메리트가 없다. 요즘 정보검색대회이런것 다 없어지지 않았는가.

문제는 해당 지식들을 자신의 것으로 만드는 속도다. 이게 느리면, 뒤쳐질수밖에 없다. 게다가 대다수의 지식들은 영어로 쓰여져있으므로, 이것역시 극복하지 않으면, 잘찾는능력 뭐 이런거 하등 소용없다. 일단 방법은... 자꾸 부딪히는거다. EnglishStudy 따로 한다고 생각치말고, 매사에, 내 몸에서 거부감이 없어질정도로 자꾸 몸에 부대껴야 극복될 수 있을것이다. 내가 추천하는 또한가지 영어부담없애기는 관심분야의 외국 메일포럼에 가입하는것. 자꾸 읽구, 가끔 답변도 쓰고, 그러는데 부담을 느끼지 않도록 노력하기.

어쨌건, 읽기속도를 늘리는것은 중요하다. 자주 부딛히는것도 방법이고, 좀더 집중하는것도 방법이다.

BioinformaticsWebLog에 가입하다. WebLog가입은 처음인데... 좀 자주 다니면서, 분위기도 익히고, 글도 올리고 해야겠다. 이곳 특징은 다양한 [Bioinformatics]분류별 글들.

오늘 하루종일 [R]홈페이지에 접속이 안된다. 메뉴얼인쇄하려고 딱 맘먹으니깐, 이렇게 되네... 그나저나, 공공기관 홈페이지가 이렇게 오랫동안 접속안되도 되는거야? 그건그렇고, 여긴 한국사용자모임같은거 없나... r-prjoect.or.kr 로하면 될듯싶은데...

2004-03-31

3월의 마지막날. 하루한주한달이 너무도 순식간에 지나가버린다. 그래도... 따스한 봄, 그리고 활짝활짝 피어대는 꽃들때문에 마음은 설레인다. 꽃들을 가까이서 들여다보고있으면, 저 안에서 일어나고 있을 막 개시된 유전자들에 의한 각종 생화학반응들이 마냥 신기하기만 하다.

지난주 토요일, 보라매파크에 다녀온후, 아직까지도 허리가 완쾌되지 못하다. 나은것 같으면서도, 과도한 움직임이 힘든것이, 앞으로 한참은 더 라이딩못할것만 같다. 그날 사진.

저기서 점프하는 생각만 하면 아직까지 아찔아찔. 안전한 착지를 하려면? 360이 더 쉬우려냐? 보다더 높히 뜨려면? 어떻게 몸을 더 오므릴까? 등의 생각들로 한참을 들여다보게 된다.

CharlesDarwin의 위험한 생각이라는 EBS방송을 그제 재밌게 봤었는데, 8부작이더만. 3/22부터 5/17까지 8부작. 월요일 밤 8:50 ~ 9:40 방송. 매주 월요일은 이거 보는날.

최고상금의 LG배 세계[Baduk]기왕전. 결승 제3국. 어제 밤늦은 시각 이세돌의 해설로 재밌게 봤다. 흑번필승은 없다. 철저한 형세판단과 정교함의 이창호 백이, 초반에 잘 이끌다 조급함에 스스로 무너지게된 목진석 흑을 222수만에 눌러버림. 이번판도 포석없이 곧바로 전투에 돌입. 빈귀에 선착하는게 오히려 촌스러워보인다는 기사내용이 재밌다.

난 이창호가 좀더 오래 정상의 자리에 있으면 좋겠다. 그가 예전 인터뷰처럼 좀더 공부하고, 좀더 실력을 쌓아서, 최강이란 이런것이다라고 모두에게 바둑으로 말하는 그 모습이 보고싶다.

SK텔레콤 Seminar:윤송이 상무, 그리고 기사

사진보고있자니, 명랑해보이면서도, 똑소리날것같은... 암튼 이쁘다. 내눈엔 전지현등등보다 훨씬 이뻐보인다. 학위란 무엇일까. 짧은시간에 학위를 따낸다는것이 중요한 문제인가. 약간은 시기심같은건지도 모르겠다. 적어도, 무슨 학위를 갖고 있다는 것이 그 사람의 훌륭함을 대신할 수는 없다. 어떤 가치를 만들어낼 수 있는가, 얼마나 아름다운 인생인가가 좀 더 중요하지 않을까라고 속으로 중얼거려본다.

CategoryWebLogYong