BioPython과 GnuPlotPy를 이용한 간단한 서열분석 통계프로그램.

  • (아직 뭐 통계란 말 쓰긴 좀 뭣하지만, 암튼...)

CVS에 올렸습니다. 관심있으신분들의 많은 참여를 바랍니다. 커밋을 원하시면 yong27에게 말씀주세요. 계정드립니다.

BioSeqStat

Contents

  1. 목적 및 방향
  2. 각종 기능들
    1. sequence length distribution
    2. AminoAcid contents distribution
    3. Pepide length distribution by each protease
    4. Peptide masses distribution by each protease
    5. Random generated 서열과 비교기능
      1. 랜덤서열의 PMF
      2. 랜덤서열과 실제서열과의 AminoAcid 조성분포
    6. Protein hydrophobisity diagram
    7. GcSkew diagram
  3. Discussion
  4. 작업로그

목적 및 방향

각종 기능들

sequence length distribution

FastaFormat의 다수서열을 입력받아 SlidingWindow방식으로 서열길이분포 그리기.

Example (E.coli의 SwissProt 모든 Protein들 길이분포, window size = 30)

ecoli_protein_len_dist.png

AminoAcid contents distribution

FastaFormat의 다수서열을 입력받아 각각 AminoAcid의 발생빈도계산. 발생빈도 그래프그리기.

Example (E.coli의 SwissProt 모든 [[Protein]들 AminoAcid 발생빈도)

aadist.png

Pepide length distribution by each protease

FastaFormat의 다수서열을 입력받아 특정 protease에 의해 생성된 펩타이드들의 길이 분포.

Example (E.coli의 SwissProt 모든 Protein들을 Trypsin으로 절단했을때의 길이분포)

seqlendist_ecoli.png

Peptide masses distribution by each protease

FastaFormat의 다수서열을 입력받아 특정 protease에 의해 생성된 펩타이드들의 질량 분포.

Example (E.coli의 SwissProt 모든 Protein들을 Trypsin으로 절단했을때의 펩타이드 질량분포, SlidingWindow 50적용)

massdist_ecoli.png

SeeAlso PmfSimulation

Random generated 서열과 비교기능

랜덤서열의 PMF

랜덤서열을 만들고, (길이 100짜리 1000개) 트립신 처리후 펩타이드들의 길이분포

random_pmf_dist.png

랜덤서열과 실제서열과의 AminoAcid 조성분포

랜덤서열 (길이 500짜리 NucleicAcid서열을 standard codon table로 translation, stop codon무시, 1000개)

aadist_random.png

E.coli서열 (SwissProt내 모든 Protein서열)

aadist_ecoli.png

Bacillus

aadist_bacillus.png

Drosophila

aadist_drosophila.png

Rattus

aadist_rattus.png

Human

aadist_sapiens.png

Protein hydrophobisity diagram

GcSkew diagram

Discussion

랜덤서열과 실제서열의 AminoAcid조성분포 그림에서, Random 서열의 분포가 저렇게 되는 이유는 codon table때문입니다. 특정 AminoAcid를 더 많이 코딩할 기회가 되는 코돈에 의한 AminoAcid빈도가 더 많음은 당연하겠죠. 그래서 저런 그림이 되는데, E.coli와의 비교를 보면 좀 특이합니다. 저 분포의 차이가 어떤 생물학적 의미를 반영하지 않을까 생각됩니다. 종간 차이도 있을까요?

Bacillus, Drosophila, Rattus, Human 을 하나하나 해본결과 특정 Evolution적 연관관계가 있는것으로 여겨진다. Rattus와 Human은 매우 유사한것에 비해, Drosophila순으로 유사함에 차이가 나타난다.

작업로그

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