Introduction

이른바, 생물정보학의 기본이 되는 부분이며, 생명현상의 기본이 서열에서 유래되므로, 이들 서열을 수학적, 전산학적으로 분석하는 다양한 분야들을 일컬으며, 혹자들은 이 분야를 Classical Bioinformatics라고 부르기도 하나, 여전이 Bioinformatics의 기본으로 다른 분야들의 기반을 이루고 있다.

일반적으로 서열분석은 생물학적으로 유사한 서열을 찾는것에서 시작한다. 이른바 homology search라는 방법은 실제로 생물학적인 많은 정보들을 제공하며, 최근 서열정보 데이터베이스의 증가는 그 유용성을 더욱 증가시킨다. 더군다나, 유전체레벨에서의 서열정보들이 쏟아지는 이때, ComparativeGenomics라는 분야가 말하듯이 서열비교분석은 그 중요성을 간과할 수 없을 것이다.

다양한 통계학적 방법들을 사용하여 그 유사성정도를 측정하나, 아직까지 진정한 생물학적 의미를 반영하지 못하고 있으며, 따라서 이 분야 역시 많은 이들의 중요 연구분야가 되고 있다.

Useful Contents

• SequenceHomologySearch

• SubstitutionMatrix

• BioSequence Manipulation : It's yong27's coded CGI program using BioPython

• DynamicProgramming

• SmithWatermanAlgorithm

• NeedlemanWunschAlgorithm

• ParametricSequenceAnalysis

Concerned Software

• GCG

• EMBOSS

• BLAST

• FASTA

• MOTIF

• VectorNti

• BioSeqStat

Durbin's book ''Biological Sequence Analysis''

RichardDurbin외 3인의 저서. Sefiroth에서 첫번째 스터디교재로 사용했었슴.

Contents

1. Introduction

2. PairwiseAlignment

3. MarkovChain and HiddenMarkovModel

4. PairwiseAlignment using HiddenMarkovModel -- PairHmm

5. ProfileHmm for sequence families

6. MultipleAlignment

7. PhylogeneticTree

8. ProbabilisticPhylogeny

9. TransformationalGrammar

10. RnaSecondaryStructurePrediction

11. Background On Probability

스터디문서들

Sefiroth에서 작성한 문서 bsa-sefiroth.hwp

SeeAlso SubsetsOfBioinformatics

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